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这种带箭头的基因图怎么做的?

作者 珊瑚海super
来源: 小木虫 350 7 举报帖子
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请教,这种带箭头的基因图是如何画出来的?用PPT?还是有专门的软件一键出图?上面的箭头长短我知道应该是基因片段的长度,但是方向如何确定?有的向左有的向右,整个序列其实是一条基因,上面有很多别的基因片段,就是不知道这个方向是如何确定的,希望能遇见大神指点迷津。感谢

这种带箭头的基因图怎么做的?
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  • 精华评论
  • dingzhuang

    序列软件 DNAstar 、 SnapGene 了解一下; 一个箭头表示一个ORF,箭头向左向右表示转录方向(同一基因簇中的不同ORF的转录是单独完成的,有的上链是正义链,有的下链是正义链)。

  • 珊瑚海super

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by dingzhuang at 2020-11-18 11:37:42
    序列软件 DNAstar 、 SnapGene 了解一下; 一个箭头表示一个ORF,箭头向左向右表示转录方向(同一基因簇中的不同ORF的转录是单独完成的,有的上链是正义链,有的下链是正义链)。

    感谢,我现在是只有一窜测序后的基因序列,很长,如何知道这条链中不同的ORF的转录方向?

  • jie123400

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 珊瑚海super at 2020-11-18 15:10:52
    感谢,我现在是只有一窜测序后的基因序列,很长,如何知道这条链中不同的ORF的转录方向?...

    这个要自己来确定吧,有部分软件可以识别出一些常用的序列。未知序列得要自己来确认,然后在软件上进行标注。

  • 珊瑚海super

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:35:42
    这个要自己来确定吧,有部分软件可以识别出一些常用的序列。未知序列得要自己来确认,然后在软件上进行标注。...

    非常感谢,那想知道未知序列的转录方向可以通过NCBI查看?还是....,现在有特定的方便查阅序列转录方向的网站或者软件吗?这些太深的东西我实在是刚接触,问的有点多

  • JY_Lee

    如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对,根据匹配情况就可以判断是正链还是复链,不然就只能靠一些软件做预测了

  • 珊瑚海super

    引用回帖:
    6楼: Originally posted by JY_Lee at 2020-11-21 21:33:07
    如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对,根据匹配情况就可以判断是正链还是复链,不然就只能靠一些软件做预测了

    感谢回复,你是说拿现有的序列进行tblastn?,这样可以看出正反链是吗?

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