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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 这种带箭头的基因图怎么做的？
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)

[求助] 这种带箭头的基因图怎么做的？ 已有2人参与

请教，这种带箭头的基因图是如何画出来的？用PPT？还是有专门的软件一键出图？上面的箭头长短我知道应该是基因片段的长度，但是方向如何确定？有的向左有的向右，整个序列其实是一条基因，上面有很多别的基因片段，就是不知道这个方向是如何确定的，希望能遇见大神指点迷津。感谢

这种带箭头的基因图怎么做的？
1.png@wizardfan@biostar2009
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1楼 2020-11-18 10:46:37
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dingzhuang

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列软件 DNAstar 、 SnapGene 了解一下； 一个箭头表示一个ORF，箭头向左向右表示转录方向（同一基因簇中的不同ORF的转录是单独完成的，有的上链是正义链，有的下链是正义链）。
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珊瑚海super
实验！成果！文章！毕业！工作！
2楼2020-11-18 11:37:42
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by dingzhuang at 2020-11-18 11:37:42
序列软件 DNAstar 、 SnapGene 了解一下； 一个箭头表示一个ORF，箭头向左向右表示转录方向（同一基因簇中的不同ORF的转录是单独完成的，有的上链是正义链，有的下链是正义链）。

感谢，我现在是只有一窜测序后的基因序列，很长，如何知道这条链中不同的ORF的转录方向？
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3楼2020-11-18 15:10:52
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jie123400

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 珊瑚海super at 2020-11-18 15:10:52
感谢，我现在是只有一窜测序后的基因序列，很长，如何知道这条链中不同的ORF的转录方向？...

这个要自己来确定吧，有部分软件可以识别出一些常用的序列。未知序列得要自己来确认，然后在软件上进行标注。
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4楼2020-11-18 16:35:42
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:35:42
这个要自己来确定吧，有部分软件可以识别出一些常用的序列。未知序列得要自己来确认，然后在软件上进行标注。...

非常感谢，那想知道未知序列的转录方向可以通过NCBI查看？还是....，现在有特定的方便查阅序列转录方向的网站或者软件吗?这些太深的东西我实在是刚接触，问的有点多
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5楼2020-11-19 10:06:50
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JY_Lee

新虫 (初入文坛)
如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对，根据匹配情况就可以判断是正链还是复链，不然就只能靠一些软件做预测了

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珊瑚海super
6楼2020-11-21 21:33:07
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by JY_Lee at 2020-11-21 21:33:07
如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对，根据匹配情况就可以判断是正链还是复链，不然就只能靠一些软件做预测了

感谢回复，你是说拿现有的序列进行tblastn?，这样可以看出正反链是吗？
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7楼2020-11-25 22:29:31
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帕戴维

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by JY_Lee at 2020-11-21 21:33:07
如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对，根据匹配情况就可以判断是正链还是复链，不然就只能靠一些软件做预测了

能否通过碱基序列判断，起始密码子和终止密码子

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8楼2020-11-26 08:19:05
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