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珊瑚海super

木虫 (著名写手)

[求助] 这种带箭头的基因图怎么做的? 已有2人参与

请教,这种带箭头的基因图是如何画出来的?用PPT?还是有专门的软件一键出图?上面的箭头长短我知道应该是基因片段的长度,但是方向如何确定?有的向左有的向右,整个序列其实是一条基因,上面有很多别的基因片段,就是不知道这个方向是如何确定的,希望能遇见大神指点迷津。感谢

这种带箭头的基因图怎么做的?
1.png@wizardfan@biostar2009
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dingzhuang

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
序列软件 DNAstar 、 SnapGene 了解一下; 一个箭头表示一个ORF,箭头向左向右表示转录方向(同一基因簇中的不同ORF的转录是单独完成的,有的上链是正义链,有的下链是正义链)。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

实验!成果!文章!毕业!工作!
2楼2020-11-18 11:37:42
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by dingzhuang at 2020-11-18 11:37:42
序列软件 DNAstar 、 SnapGene 了解一下; 一个箭头表示一个ORF,箭头向左向右表示转录方向(同一基因簇中的不同ORF的转录是单独完成的,有的上链是正义链,有的下链是正义链)。

感谢,我现在是只有一窜测序后的基因序列,很长,如何知道这条链中不同的ORF的转录方向?
3楼2020-11-18 15:10:52
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jie123400

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 珊瑚海super at 2020-11-18 15:10:52
感谢,我现在是只有一窜测序后的基因序列,很长,如何知道这条链中不同的ORF的转录方向?...

这个要自己来确定吧,有部分软件可以识别出一些常用的序列。未知序列得要自己来确认,然后在软件上进行标注。
4楼2020-11-18 16:35:42
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jie123400 at 2020-11-18 16:35:42
这个要自己来确定吧,有部分软件可以识别出一些常用的序列。未知序列得要自己来确认,然后在软件上进行标注。...

非常感谢,那想知道未知序列的转录方向可以通过NCBI查看?还是....,现在有特定的方便查阅序列转录方向的网站或者软件吗?这些太深的东西我实在是刚接触,问的有点多
5楼2020-11-19 10:06:50
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JY_Lee

新虫 (初入文坛)

如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对,根据匹配情况就可以判断是正链还是复链,不然就只能靠一些软件做预测了

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2020-11-21 21:33:07
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珊瑚海super

木虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by JY_Lee at 2020-11-21 21:33:07
如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对,根据匹配情况就可以判断是正链还是复链,不然就只能靠一些软件做预测了

感谢回复,你是说拿现有的序列进行tblastn?,这样可以看出正反链是吗?
7楼2020-11-25 22:29:31
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帕戴维

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by JY_Lee at 2020-11-21 21:33:07
如果已经有类似的序列的话可以做tblastn之类的进行比对,根据匹配情况就可以判断是正链还是复链,不然就只能靠一些软件做预测了

能否通过碱基序列判断,起始密码子和终止密码子

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8楼2020-11-26 08:19:05
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