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想请教一下做RACE时，特异性引物的设计问题，以及如何根据同源保守区设计引物？

作者 zqxy1223: 来源: 小木虫 700 14 举报帖子

我是一个做分子生物学的新手，老师也没太多时间知道，所以的问题都要靠自己摸索。所以我的问题在您看来若很弱智，请您耐心的解答，非常感谢。
我想在利用RACE方法做植物上一个基因的全长，根据同源克隆法，利用DNAMAN比对序列后，如何选取保守区，选择保守区序列的位置和原则是什么？又如何根据保守区设计3‘引物和5’引物？还是先做3‘race,根据pcr产物再做5’race?非常感谢。返回小木虫查看更多

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xuzhu598

首先得NCBI上找到相似物种的cDNA序列，比对下，根据同源保守区（就是物种之间都没有变化的序列）设计两条GSP，两者之间隔个100bp-200bp左右吧！3‘RACE简单点
zqxy1223

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3楼: Originally posted by xuzhu598 at 2013-08-22 21:33:39
首先得NCBI上找到相似物种的cDNA序列，比对下，根据同源保守区（就是物种之间都没有变化的序列）设计两条GSP，两者之间隔个100bp-200bp左右吧！3‘RACE简单点

可是我的这个基因我选取的保守区，设计的引物GC含量都很低，已经设计了多条，都很低，该怎么办
，
xuzhu598

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4楼: Originally posted by zqxy1223 at 2013-08-23 15:23:03
可是我的这个基因我选取的保守区，设计的引物GC含量都很低，已经设计了多条，都很低，该怎么办？...

primer长度25-27bp左右吧，GC%有40吗？理论很多时候和实际不一样的，建议你多设计几条！3‘相对来说简单多了，问题应该不大。
fantasist001

确保每个引物的3‘端都在完全or最保守区。先做3端是正道。
zqxy1223

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5楼: Originally posted by xuzhu598 at 2013-08-23 20:46:26
primer长度25-27bp左右吧，GC%有40吗？理论很多时候和实际不一样的，建议你多设计几条！3‘相对来说简单多了，问题应该不大。...

在弱弱的问一下，我根据其他物种来寻找保守区，设计引物，是不是应该设计简并引物啊~~
zqxy1223

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6楼: Originally posted by fantasist001 at 2013-08-23 21:51:20
确保每个引物的3‘端都在完全or最保守区。先做3端是正道。

因为我没有已知片段，我是不是应该先设计简并引物，P出一段序列，在做3‘端啊？