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蛋白质同源建模 已有2人参与
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我在用swiss model 找模板的时候结果出来提示说分值太低（如下），请问这样怎么办呢？ - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using BLAST - Alignment quality between target and specified template is too low - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using HHSearch - Alignment quality between target and specified template it too low - Unfortunately, we could not align the user specified template to the target - For troubleshooting, please see our article in Nature Protocols: - Bordoli, L., Kiefer, F., Arnold, K., Benkert, P., Battey, J. and Schwede, T. (2009). Protein structure homology modelling using SWISS-MODEL Workspace. Nature Protocols, 4, 1. - Workspace Pipeline parameter Cut-off parameters to model the target based on a BLAST target-template alignment Evalue : 0.0001 Minimum Template size (aa) for ranking : 25 Minimum Sequence identity : 60 Cut-off parameters to model the target based on a HHSearch target-template alignment Evalue : 0.0001 Probability : 50 MAC : 0.3 Parameters for model selection Minimal number of uncovered target residues after BLAST to run HHSEARCH : 50 Minimal number of uncovered target residues to model an additional template : 25 - Finish SMR-Pipeline in automated mode on BC2-cluster at Sat Jan 23 01:58:09 2016 |
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【答案】应助回帖
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万木有灵: 金币+5 2016-01-28 19:44:31
万木有灵: 金币+5 2016-01-28 19:44:31
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其实进行同源建模时候，并不是所有的蛋白全序列都可以建模，或者都能找到模板（template）。 但是对于目的蛋白，你可能只对其中某段序列区域（催化域，底物/辅酶结合域等）感兴趣，而这些序列区域 可能保守度很高，可以对这些区域进行建模即可。 你可以先将全序列进行建模，如果全局比对分值很低，你根据比对结果，选取保守区域的氨基酸序列（最好含有你感兴趣的区域），利用swiss model对该区域重新建模即可。 或者你试试这个建模网站PHYRE2：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index |
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