| 查看: 3835 | 回复: 7 | ||
[求助]
蛋白质同源建模 已有2人参与
|
|
我在用swiss model 找模板的时候结果出来提示说分值太低（如下），请问这样怎么办呢？ - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using BLAST - Alignment quality between target and specified template is too low - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using HHSearch - Alignment quality between target and specified template it too low - Unfortunately, we could not align the user specified template to the target - For troubleshooting, please see our article in Nature Protocols: - Bordoli, L., Kiefer, F., Arnold, K., Benkert, P., Battey, J. and Schwede, T. (2009). Protein structure homology modelling using SWISS-MODEL Workspace. Nature Protocols, 4, 1. - Workspace Pipeline parameter Cut-off parameters to model the target based on a BLAST target-template alignment Evalue : 0.0001 Minimum Template size (aa) for ranking : 25 Minimum Sequence identity : 60 Cut-off parameters to model the target based on a HHSearch target-template alignment Evalue : 0.0001 Probability : 50 MAC : 0.3 Parameters for model selection Minimal number of uncovered target residues after BLAST to run HHSEARCH : 50 Minimal number of uncovered target residues to model an additional template : 25 - Finish SMR-Pipeline in automated mode on BC2-cluster at Sat Jan 23 01:58:09 2016 |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有86人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 同源建模所得结果的再分析
已经有3人回复
- 求多肽同源建模的相关文献 多肽能不能像蛋白质一样同源建模呢
已经有1人回复
- 请问关于同源建模蛋白中温度因子B-factor的提取
已经有0人回复
- 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
已经有12人回复
- swiss-model 同源建模的使用
已经有15人回复
- 求助蛋白质三维建模
已经有11人回复
- 同源建模
已经有7人回复
- NAMD模拟后同源建模计算RMSD的问题
已经有1人回复
- 求助namd模拟的基础上同源建模的问题！
已经有3人回复
- 同源建模时怎样计算一致性和相似性
已经有4人回复
- 求解discovery studio同源建模生成模型那步出错
已经有0人回复
- 【求助】分子对接、同源建模
已经有0人回复
- 小白问一个关于同源建模的问题
已经有0人回复
- 关于对同源建模后的结构进行动力学再用于对接的效果
已经有0人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 求助用ORCHESTRAR同源建模时，如何把分别构建的部分模型整合起来
已经有1人回复
- 请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
已经有3人回复
- 求助Discovery Studio 或其他蛋白质建模软件 软件
已经有7人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
已经有11人回复
- 【分享】蛋白质同源建模(创腾)
已经有10人回复
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-01-23 11:50:16
3楼2016-01-23 15:05:26
shxteacher
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 5604.8
- 散金: 86
- 红花: 1
- 帖子: 358
- 在线: 85.4小时
- 虫号: 1115946
- 注册: 2010-10-07
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
万木有灵: 金币+5 2016-01-28 19:44:31
万木有灵: 金币+5 2016-01-28 19:44:31
|
其实进行同源建模时候，并不是所有的蛋白全序列都可以建模，或者都能找到模板（template）。 但是对于目的蛋白，你可能只对其中某段序列区域（催化域，底物/辅酶结合域等）感兴趣，而这些序列区域 可能保守度很高，可以对这些区域进行建模即可。 你可以先将全序列进行建模，如果全局比对分值很低，你根据比对结果，选取保守区域的氨基酸序列（最好含有你感兴趣的区域），利用swiss model对该区域重新建模即可。 或者你试试这个建模网站PHYRE2：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index |
4楼2016-01-27 18:53:54
5楼2016-01-28 19:44:29
shxteacher
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 5604.8
- 散金: 86
- 红花: 1
- 帖子: 358
- 在线: 85.4小时
- 虫号: 1115946
- 注册: 2010-10-07
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
6楼2016-01-29 11:52:16
7楼2016-01-29 12:00:28
8楼2017-03-08 15:04:26
