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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD模拟后同源建模计算RMSD的问题
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ottolzm

木虫 (正式写手)

[求助] NAMD模拟后同源建模计算RMSD的问题

我的问题是：已知T的三级结构，但是在T的N端添加了4-10个氨基酸的蛋白质的三级结构未知，因此用namd模拟获得了10个氨基酸+T的三级结构的模拟，之后想利用这个模拟获得的三级结构作为模板，进行4-9个氨基酸+T的三级结构的模拟，利用naMD和easy modeller 2.0进行了分子模拟，产生的pdb结构要做评估，以及要展现给别人的时候，需要提供哪些模拟后计算的结果，除了Cα-C distance，RMSD，RMSF外，还需要哪些？我通过VMD对模拟后的结构和原始的晶体结构的PDB结构进行了rmsd的计算，计算结果为20，这个也太大了，是不是利用VMD计算的rmsd是整体蛋白质的rmsd，真是的rmsd是不是需要用所模拟的蛋白质的氨基酸数目做一个平均，(我的目的蛋白质的氨基酸数目为227)？
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1楼 2012-12-09 22:24:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 09:46:52
你需要先利用RMSD轨迹这个插件里的align,align之后再计算RMSD,你要评价pdb结构的话，可以使用UCLA-DOE的SAVES服务器~哈哈
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2楼2012-12-10 09:02:40
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