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ottolzm木虫 (正式写手)
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NAMD模拟后同源建模计算RMSD的问题
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| 我的问题是：已知T的三级结构，但是在T的N端添加了4-10个氨基酸的蛋白质的三级结构未知，因此用namd模拟获得了10个氨基酸+T的三级结构的模拟，之后想利用这个模拟获得的三级结构作为模板，进行4-9个氨基酸+T的三级结构的模拟，利用naMD和easy modeller 2.0进行了分子模拟，产生的pdb结构要做评估，以及要展现给别人的时候，需要提供哪些模拟后计算的结果，除了Cα-C distance，RMSD，RMSF外，还需要哪些？我通过VMD对模拟后的结构和原始的晶体结构的PDB结构进行了rmsd的计算，计算结果为20，这个也太大了，是不是利用VMD计算的rmsd是整体蛋白质的rmsd，真是的rmsd是不是需要用所模拟的蛋白质的氨基酸数目做一个平均，(我的目的蛋白质的氨基酸数目为227)？ |
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 NAMD |
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2楼2012-12-10 09:02:40
