| 查看: 1472 | 回复: 1 | ||||
ottolzm木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD模拟后同源建模计算RMSD的问题
|
| 我的问题是：已知T的三级结构，但是在T的N端添加了4-10个氨基酸的蛋白质的三级结构未知，因此用namd模拟获得了10个氨基酸+T的三级结构的模拟，之后想利用这个模拟获得的三级结构作为模板，进行4-9个氨基酸+T的三级结构的模拟，利用naMD和easy modeller 2.0进行了分子模拟，产生的pdb结构要做评估，以及要展现给别人的时候，需要提供哪些模拟后计算的结果，除了Cα-C distance，RMSD，RMSF外，还需要哪些？我通过VMD对模拟后的结构和原始的晶体结构的PDB结构进行了rmsd的计算，计算结果为20，这个也太大了，是不是利用VMD计算的rmsd是整体蛋白质的rmsd，真是的rmsd是不是需要用所模拟的蛋白质的氨基酸数目做一个平均，(我的目的蛋白质的氨基酸数目为227)？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 NAMD |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【求助】各位好：我按照NAMD tutorial做出来的RMSD图没有tutorial漂亮
已经有6人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
2楼2012-12-10 09:02:40
10