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古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] 同源建模

江湖救急：在DS中构建蛋白质三维结构，若模板蛋白的同源性较低，该如何改进？
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1楼 2013-03-05 20:22:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
古小青: 金币+5 2013-03-09 22:12:31
低到什么程度？换软件是一条途径~
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2楼2013-03-05 21:56:49
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
古小青: 金币+5 2013-03-09 22:09:13
低可以多模板建模 但是也不能太低了 否则没什么意思
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3楼2013-03-06 09:55:38
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
古小青: 金币+10 2013-03-09 22:12:05
这得要看低到什么样的程度了。以前见过同源性很低的。通过采取分段模建的方法能解决。
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努力的生活着
4楼2013-03-06 09:56:15
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-03-05 21:56:49
低到什么程度？换软件是一条途径~

只能找到长度约为目标蛋白1/5序列长度的同源蛋白。只有DS一种可供使用的软件啊。
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5楼2013-03-09 22:04:23
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaozhq at 2013-03-06 09:55:38
低可以多模板建模 但是也不能太低了 否则没什么意思

那用什么软件建模比较好一点啊？
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6楼2013-03-09 22:06:31
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-03-06 09:56:15
这得要看低到什么样的程度了。以前见过同源性很低的。通过采取分段模建的方法能解决。

DS如何分段建模啊？
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7楼2013-03-09 22:06:45
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 古小青 at 2013-03-09 22:06:45
DS如何分段建模啊？...

DS的分段模建的准确性如何就不太清楚了。之前是实验室的一个同学这么做过。别的软件也没用过这个功能。如果一定要中这种分段模建做的话，可以多看看其他软件吧。应该很多软件都有分段模建的功能。
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努力的生活着
8楼2013-03-10 17:57:25
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