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[交流]
关于对同源建模后的结构进行动力学再用于对接的效果
动力学的结果就一定好于之前吗？
我同源建模了一个蛋白质结构，用于对接，得到的结果与文献报道一致（实验测定），但是有一些残基的扭转确实不太好。于是我用该结构跑了15ns的动力学，得到的结果用于对接，竟然结果很差。
动力学应该得到的是结合最好的构象，为何会出现这样情况呢？
P.S 动力学的时候，我用的是对接后复合物的结构来跑的··· |
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