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潇湘、西瓜匠

新虫 (初入文坛)

[求助] 我pcr之后跑胶的条带模糊不清,但是能看出有条带,Marker也一样的? 已有5人参与

如题,大家看下我的胶图,帮忙分析下原因。

我pcr之后跑胶的条带模糊不清,但是能看出有条带,Marker也一样的?


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木有西瓜的冬天~~~
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Marker也跑成这样说明不仅是扩增产物的问题,而是电泳过程出问题了。
比如是否恒压或恒流?
电泳胶是否配制正确?
胶染还是泡染?如果泡染,是否时间太长?

PS:这样跑电泳有点浪费……
3楼2015-12-10 09:02:41
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371522029

金虫 (正式写手)

小鱼儿

你這個pcr基本上是引物二聚体的感觉。我估计更电泳缓冲液体有关。最好是新的,胶片也要用缓冲液配置。另外上样也要特别的细心。电泳电压不要太大或者太小,注意恒压。

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4楼2015-12-10 09:09:19
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371522029

金虫 (正式写手)

小鱼儿

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
那么小片段,需要总小的marker不要用原来嗯嗯大的。胶片浓度加大,2%的胶片试试。

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6楼2015-12-10 10:05:21
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普通回帖

樊雪1994

金虫 (小有名气)

2楼2015-12-10 00:12:11
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潇湘、西瓜匠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 371522029 at 2015-12-10 09:09:19
你這個pcr基本上是引物二聚体的感觉。我估计更电泳缓冲液体有关。最好是新的,胶片也要用缓冲液配置。另外上样也要特别的细心。电泳电压不要太大或者太小,注意恒压。
...

我要的条带是114和91大小的,这个图片是先经过pcr,然后用了一种特异酶切,然后跑出来的,应该在100marker上下,然后就是最小面的条带不知道哪里来的,是引物二聚体?

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木有西瓜的冬天~~~
5楼2015-12-10 10:00:19
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潇湘、西瓜匠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lifechuteng at 2015-12-10 09:02:41
Marker也跑成这样说明不仅是扩增产物的问题,而是电泳过程出问题了。
比如是否恒压或恒流?
电泳胶是否配制正确?
胶染还是泡染?如果泡染,是否时间太长?

PS:这样跑电泳有点浪费……

因为要区分114和91两个条带,所以可以看到确实有大于100和小于100的,用的是90伏电压,跑了1个半小时,胶浓度2%,然后就这结果,模糊不清,胶都是新制的,在胶凝固刚溶好的时候加的染色剂,电泳液没换,会不会是电泳液?还是什么鬼?

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木有西瓜的冬天~~~
7楼2015-12-10 10:07:17
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 371522029 at 2015-12-10 09:09:19
你這個pcr基本上是引物二聚体的感觉。我估计更电泳缓冲液体有关。最好是新的,胶片也要用缓冲液配置。另外上样也要特别的细心。电泳电压不要太大或者太小,注意恒压。
...

你怎么知道这是引物二聚体?marker多大人家都没有标。
8楼2015-12-10 11:03:38
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 潇湘、西瓜匠 at 2015-12-10 10:07:17
因为要区分114和91两个条带,所以可以看到确实有大于100和小于100的,用的是90伏电压,跑了1个半小时,胶浓度2%,然后就这结果,模糊不清,胶都是新制的,在胶凝固刚溶好的时候加的染色剂,电泳液没换,会不会是电 ...

114和91在琼脂胶上分出来没问题,但是并非跑得慢就一定跑得好,慢点跑一般只针对胖子,因为胖子跑快了容易掉队,于是就拖得一长串,比如跑个大几千bp的玩意。跑满的一个坏处就是扩散的问题,扩散是不可避免的,在电泳系统里面也就跟时间和温度相关,跑1个半小时,那得扩散成什么样。
你仍然用2%也行,提高点也行,然后电压提高,这跟你的电泳槽多宽有关系,跑个5V/cm的场强没问题。不是非常小的电泳槽,不纠结160V。
9楼2015-12-10 11:10:51
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潇湘、西瓜匠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by biostar2009 at 2015-12-10 11:03:38
你怎么知道这是引物二聚体?marker多大人家都没有标。...

最小的marker是100的

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木有西瓜的冬天~~~
10楼2015-12-10 12:11:21
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