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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 已知引物序列，怎么计算扩增产物长度（bp）
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luwenjuanasd

新虫 (初入文坛)

[求助] 已知引物序列，怎么计算扩增产物长度（bp） 已有2人参与

我已知引物序列，怎么计算扩增产物长度（bp），用blast检测过，但看不懂分析结果，也不清楚目的片段是什么，PCR新人，求各位大神指点，不胜感激！！！
上游：CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA
下游：TCCTCCGCTTATTGATATGC
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1楼 2015-07-01 22:29:55
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看我以前发的帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7739728
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2楼2015-07-01 22:33:39
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luwenjuanasd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-07-01 22:33:39
看我以前发的帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7739728

看了呢，就是没看懂怎么就根据比对结果知道了该对引物扩增的基因名称、物种来源、序列及产物大小，不太理解这个怎么得到的结果。。
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3楼2015-07-01 22:42:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by luwenjuanasd at 2015-07-01 22:42:14
看了呢，就是没看懂怎么就根据比对结果知道了该对引物扩增的基因名称、物种来源、序列及产物大小，不太理解这个怎么得到的结果。。...

我觉得我说的挺清楚的，上下游引物都能和比对结果序列的相应区段匹配上，也就是说如果我们用这对引物以该物种DNA为模板，就能扩出这段序列。经blast比对，你这对引物扩增的序列应该是核糖体RNA基因，目标片段长度680bp左右。因为该基因区段序列较保守，所以匹配上了多个物种。
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4楼2015-07-01 23:18:51
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luwenjuanasd

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2015-07-01 23:18:51
我觉得我说的挺清楚的，上下游引物都能和比对结果序列的相应区段匹配上，也就是说如果我们用这对引物以该物种DNA为模板，就能扩出这段序列。经blast比对，你这对引物扩增的序列应该是核糖体RNA基因，目标片段长度6 ...

这个是真菌的ITS区引物，应该扩增的是DNA吧，
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5楼2015-07-02 12:39:10
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by luwenjuanasd at 2015-07-02 12:39:10
这个是真菌的ITS区引物，应该扩增的是DNA吧，...

是DNA，编码核糖体RNA的基因是DNA。
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6楼2015-07-02 13:00:03
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michely

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/MFEprimer-2.0/index.cgi/single_mode

试试这个网站，把引物按5‘-3’输进去，选好你要的物种，你要的结果都有
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7楼2015-07-02 14:45:47
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403873312

木虫 (小有名气)
到NCBI上搜下，或者问下生院的
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8楼2015-07-03 15:37:25
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