用phenix做分子置换，找到的模板是蛋白（B链）和DNA（A链）的复合物，并有水，要去除结构中的DNA和水，只保留蛋白部分（B链），生产新的pdb文件作为分子置换模板，今天折腾一天了。老板说用ccp4的Chainsaw做，结果没能成功，可能是Use the sequence alignment format （PIR）这一步不正确，我用clustal X2生成的pir文件；想用phenix的sculptor做，结果今天一天都上不了phenix的网站。请做过的虫友帮忙，用ccp4或phenix做最好。
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