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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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铜虫 (初入文坛)

[求助] 如何去除模板pdb文件的异原子用于分子置换

用phenix做分子置换,找到的模板是蛋白(B链)和DNA(A链)的复合物,并有水,要去除结构中的DNA和水,只保留蛋白部分(B链),生产新的pdb文件作为分子置换模板,今天折腾一天了。老板说用ccp4的Chainsaw做,结果没能成功,可能是Use the sequence alignment format (PIR)这一步不正确,我用clustal X2生成的pir文件;想用phenix的sculptor做,结果今天一天都上不了phenix的网站。请做过的虫友帮忙,用ccp4或phenix做最好。
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铜虫 (初入文坛)

问题已解决,导入目的蛋白和模板的fasta序列文件到clustal X2,然后Do complete alignment,完成后save as选择保存为NBRF/PIR format,即可生成pir文件。第一次未能生成正确的pir文件,系导入目的蛋白和模板序列文件时没做正确。在CCP4中导入模板的pdb文件(直接从pdb数据库下载的),并导入正确的pir文件,run now,几秒钟即finish,生成新的pdb文件,即可作为分子置换模板。
2楼2015-06-10 21:59:33
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