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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » VMD导出pdb文件，再导入MS
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[交流] VMD导出pdb文件，再导入MS 已有9人参与

VMD小白一枚，需要导出pdb文件，然后再导入MS。不得不说，还是习惯MS的界面。
发现问题是，所有的原子都没有原子质量。
原因在于，VMD导出的pdb格式将Occupancy都设为了0.00（倒数第二列）。不影响导入MS，导入后将所有原子的Occupancy再设为1就可以了。
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1楼 2013-09-12 11:02:26
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-22 15:29:02
能存成.mol格式我会尽量存成它的…….mol格式有时候在GaussView里面打开会出现原子重叠，这事儿比较麻烦，软件兼容性啊软件兼容性，真是无语。
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Yağma！Yağma！Yağma！
2楼2013-09-12 20:40:04
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主怎么导出的pdb文件啊，求指点
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有志者，事竟成。
3楼2013-11-20 16:40:17
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zhangshabi
4楼2013-11-20 21:49:13
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2013-11-20 16:40:17
楼主怎么导出的pdb文件啊，求指点

在Main窗口中右键save coordinates
VMD导出pdb文件，再导入MS
无标题.jpg
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5楼2013-11-22 09:19:59
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leegayway123

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问做分子模拟都要先用VMD建模吗？MS也是建模的吗？
请问这两个是软件吗？在哪儿可以下载，谢谢
自己一个人刚开始学习分子模拟，求教
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6楼2015-05-20 14:35:18
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三岁薇恩

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好 请问我在用MS打开VMD输出的pdb文件时出现如下提示


The document could not be imported:
Failed to import document from E:\3-Thermal conductivity calculation of GNR\10nm-4.2nm-AGNR\10-4.2-AGNR.pdb.
- Unable to set the chosen unphysical cell parameters


请问该如何解决呢
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7楼2019-11-12 14:06:34
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pl928

禁虫
★
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8楼2020-01-02 11:18:21
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pl981

禁虫
★
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9楼2020-01-03 14:27:20
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pl911

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
10楼2020-01-04 16:31:26
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