24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 7284  |  回复: 14

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

[求助] VMD怎么读取data文件? 已有5人参与

为了验证自己写的data文件对不对,我想用VMD导入data文件看看,但是不晓得怎么读取?求指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我若盛开,蝴蝶自来
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-24 17:20:11
链接打不开,想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开,输入这个命令之前是否先导入你什么的?或者要操作一些什么呢?...

好吧,没想到google site也被墙掉了。

你可以在网上搜lammps topotools看是否有相关资料。

读取data文件的大致方法是
Extentions -> Tk consoles

在Tk consoles的窗口里cd到你data文件所在的路径,然后

topo readlammpsdata nameofyourfile.data

就可以读取文件了。
10楼2015-03-26 13:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data
2楼2015-03-25 10:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 03:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

google sites访问不了啊~
3楼2015-03-25 11:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 10:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

链接打不开,想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开,输入这个命令之前是否先导入你什么的?或者要操作一些什么呢?
我若盛开,蝴蝶自来
4楼2015-03-25 13:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
直接打开VMD,在File中选New Molecule...,然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。
每个优秀的人,都有一段沉默的时光。那一段时光,是付出了很多努力,忍受孤独和寂寞,不抱怨不诉苦,日后说起时,连自己都能被感动的日子。
5楼2015-03-25 15:47:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 15:47:36
直接打开VMD,在File中选New Molecule...,然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。

data文件也行嘛?文件类型选什么?自动选择“automatically”时也导入不了耶
我若盛开,蝴蝶自来
6楼2015-03-25 17:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 17:04:26
data文件也行嘛?文件类型选什么?自动选择“automatically”时也导入不了耶...

你的data数据是从哪个软件里得到的,就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行,我用LAMMPS,所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。
每个优秀的人,都有一段沉默的时光。那一段时光,是付出了很多努力,忍受孤独和寂寞,不抱怨不诉苦,日后说起时,连自己都能被感动的日子。
7楼2015-03-25 20:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 20:29:53
你的data数据是从哪个软件里得到的,就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行,我用LAMMPS,所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。...

我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的,类型选择lammps trajectory也不对呢?文件名*.data不用改吧?麻烦问一下还有什么注意事项吗?我不知道是不是自己哪里做的不对?
我若盛开,蝴蝶自来
8楼2015-03-25 20:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 20:51:43
我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的,类型选择lammps trajectory也不对呢?文件名*.data不用改吧?麻烦问一下还有什么注意事项吗?我不知道是不是自己哪里做的不对?...

额,我是用dump导出来的,导出来的好像是dump.***,这个文件用lammps trajectory没有问题。。。
每个优秀的人,都有一段沉默的时光。那一段时光,是付出了很多努力,忍受孤独和寂寞,不抱怨不诉苦,日后说起时,连自己都能被感动的日子。
9楼2015-03-25 21:20:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 对天空说lrj 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297分083200求助 +8 aekx 2026-04-05 8/400 2026-04-06 10:35 by imissbao
[考研] 0703调剂 +13 拾玖壹 2026-04-04 15/750 2026-04-06 10:35 by 蓝云思雨
[考研] 0703求调剂383分 +9 W55j 2026-04-03 9/450 2026-04-06 06:50 by houyaoxu
[考研] 085602调剂 初试总分335 +9 19123253302 2026-04-05 9/450 2026-04-06 06:14 by houyaoxu
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] 复试调剂 +8 春日来信- 2026-04-03 8/400 2026-04-05 18:58 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂到0856材料工程 +3 程9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿江南大学085501机械工程专硕326分,本科佳木斯大学 +5 顾若浮生 2026-04-03 9/450 2026-04-05 09:57 by 1753564080
[考研] 295求调剂 +4 A你好研究生 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:46 by yu221
[考研] 335求调剂 +7 沈清璃 2026-04-03 7/350 2026-04-03 18:55 by lijunpoly
[考研] 一志愿陕西师范大学生物学317分 +5 1563日。 2026-04-02 5/250 2026-04-03 06:58 by ilovexiaobin
[考研] 085602化工求调剂(331分) +9 111@127 2026-03-30 9/450 2026-04-02 20:00 by dick_runner
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-04-02 3/150 2026-04-02 15:06 by cal0306
[考研] 085602化学工程268分蹲调剂 +8 月照花林。 2026-04-01 8/400 2026-04-01 22:08 by 无际的草原
[考研] 379求调剂 +3 ?苦瓜不苦 2026-04-01 3/150 2026-04-01 20:09 by 暮云清寒
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 8/400 2026-03-31 18:43 by 6266jl
[考研] 求调剂 +8 11ggg 2026-03-30 8/400 2026-03-31 13:56 by nanaliuyun
[考研] 一志愿大连理工大学,机械工程学硕,341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
信息提示
请填处理意见