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对天空说lrj

金虫 (正式写手)

[求助] VMD怎么读取data文件? 已有5人参与

为了验证自己写的data文件对不对,我想用VMD导入data文件看看,但是不晓得怎么读取?求指点
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我若盛开,蝴蝶自来
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-24 17:20:11
链接打不开,想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开,输入这个命令之前是否先导入你什么的?或者要操作一些什么呢?...

好吧,没想到google site也被墙掉了。

你可以在网上搜lammps topotools看是否有相关资料。

读取data文件的大致方法是
Extentions -> Tk consoles

在Tk consoles的窗口里cd到你data文件所在的路径,然后

topo readlammpsdata nameofyourfile.data

就可以读取文件了。
10楼2015-03-26 13:10:03
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普通回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data
2楼2015-03-25 10:53:10
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WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 03:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

google sites访问不了啊~
3楼2015-03-25 11:37:06
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 10:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

链接打不开,想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开,输入这个命令之前是否先导入你什么的?或者要操作一些什么呢?
我若盛开,蝴蝶自来
4楼2015-03-25 13:20:11
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zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
直接打开VMD,在File中选New Molecule...,然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。
每个优秀的人,都有一段沉默的时光。那一段时光,是付出了很多努力,忍受孤独和寂寞,不抱怨不诉苦,日后说起时,连自己都能被感动的日子。
5楼2015-03-25 15:47:36
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 15:47:36
直接打开VMD,在File中选New Molecule...,然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。

data文件也行嘛?文件类型选什么?自动选择“automatically”时也导入不了耶
我若盛开,蝴蝶自来
6楼2015-03-25 17:04:26
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zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 17:04:26
data文件也行嘛?文件类型选什么?自动选择“automatically”时也导入不了耶...

你的data数据是从哪个软件里得到的,就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行,我用LAMMPS,所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。
每个优秀的人,都有一段沉默的时光。那一段时光,是付出了很多努力,忍受孤独和寂寞,不抱怨不诉苦,日后说起时,连自己都能被感动的日子。
7楼2015-03-25 20:29:53
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 20:29:53
你的data数据是从哪个软件里得到的,就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行,我用LAMMPS,所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。...

我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的,类型选择lammps trajectory也不对呢?文件名*.data不用改吧?麻烦问一下还有什么注意事项吗?我不知道是不是自己哪里做的不对?
我若盛开,蝴蝶自来
8楼2015-03-25 20:51:43
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zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 20:51:43
我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的,类型选择lammps trajectory也不对呢?文件名*.data不用改吧?麻烦问一下还有什么注意事项吗?我不知道是不是自己哪里做的不对?...

额,我是用dump导出来的,导出来的好像是dump.***,这个文件用lammps trajectory没有问题。。。
每个优秀的人,都有一段沉默的时光。那一段时光,是付出了很多努力,忍受孤独和寂寞,不抱怨不诉苦,日后说起时,连自己都能被感动的日子。
9楼2015-03-25 21:20:37
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