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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD怎么读取data文件？
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)

[求助] VMD怎么读取data文件？ 已有5人参与

为了验证自己写的data文件对不对，我想用VMD导入data文件看看，但是不晓得怎么读取？求指点
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我若盛开，蝴蝶自来
1楼 2015-03-25 10:12:16
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-24 17:20:11
链接打不开，想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开，输入这个命令之前是否先导入你什么的？或者要操作一些什么呢？...

好吧，没想到google site也被墙掉了。

你可以在网上搜lammps topotools看是否有相关资料。

读取data文件的大致方法是
Extentions -> Tk consoles

在Tk consoles的窗口里cd到你data文件所在的路径，然后

topo readlammpsdata nameofyourfile.data

就可以读取文件了。
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10楼2015-03-26 13:10:03
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data
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2楼2015-03-25 10:53:10
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WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 03:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

google sites访问不了啊~
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3楼2015-03-25 11:37:06
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 10:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

链接打不开，想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开，输入这个命令之前是否先导入你什么的？或者要操作一些什么呢？
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我若盛开，蝴蝶自来
4楼2015-03-25 13:20:11
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zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接打开VMD，在File中选New Molecule...，然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。
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每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
5楼2015-03-25 15:47:36
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 15:47:36
直接打开VMD，在File中选New Molecule...，然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。

data文件也行嘛？文件类型选什么？自动选择“automatically”时也导入不了耶
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我若盛开，蝴蝶自来
6楼2015-03-25 17:04:26
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zzqzzq2007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 17:04:26
data文件也行嘛？文件类型选什么？自动选择“automatically”时也导入不了耶...

你的data数据是从哪个软件里得到的，就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行，我用LAMMPS，所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。
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每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
7楼2015-03-25 20:29:53
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 20:29:53
你的data数据是从哪个软件里得到的，就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行，我用LAMMPS，所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。...

我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的，类型选择lammps trajectory也不对呢？文件名*.data不用改吧？麻烦问一下还有什么注意事项吗？我不知道是不是自己哪里做的不对？
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我若盛开，蝴蝶自来
8楼2015-03-25 20:51:43
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zzqzzq2007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 20:51:43
我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的，类型选择lammps trajectory也不对呢？文件名*.data不用改吧？麻烦问一下还有什么注意事项吗？我不知道是不是自己哪里做的不对？...

额，我是用dump导出来的，导出来的好像是dump.***，这个文件用lammps trajectory没有问题。。。
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每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
9楼2015-03-25 21:20:37
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