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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中tools的lmp2VMD
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大仲的马

木虫 (小有名气)

[求助] lammps中tools的lmp2VMD

想用lmp2vmd这个工具将data文件转化为能被vmd读取的psf文件，但捣鼓了半天没成功，不知有没有大神用过，求教！
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不忘记怀念,不停止向前
1楼 2013-06-18 12:13:10
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题：
你了解 data 文件和 psf 文件的文件内容和意义吗？
你了解这两种文件内存储数据的格式吗？
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2楼2013-06-18 14:30:04
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大仲的马

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-18 14:30:04
问题：
你了解 data 文件和 psf 文件的文件内容和意义吗？
你了解这两种文件内存储数据的格式吗？

data了解，lammps算的data都是自己写的，但psf文件不了解，希望能利用工具将data里面的键信息导入vmd中，不知道能不能行。
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不忘记怀念,不停止向前
3楼2013-06-18 16:28:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 大仲的马 at 2013-06-18 16:28:53
data了解，lammps算的data都是自己写的，但psf文件不了解，希望能利用工具将data里面的键信息导入vmd中，不知道能不能行。...

根据我的理解，你不能把data文件只转换成psf文件，因为data文件中不仅有原子的坐标（x,y,z）,还应该包括原子的电荷信息，原子之间的成键，角，二面角等等拓扑信息，还有键长键能等。

而psf文件主要存储的拓扑信息。

不理解你为何想把lammps的data文件导入到vmd，这样多麻烦啊。你可以直接把lammps 输出的 dump文件直接导入到VMD 啊
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4楼2013-06-18 16:44:22
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大仲的马

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-18 16:44:22
根据我的理解，你不能把data文件只转换成psf文件，因为data文件中不仅有原子的坐标（x,y,z）,还应该包括原子的电荷信息，原子之间的成键，角，二面角等等拓扑信息，还有键长键能等。

而psf文件主要存储的拓扑信 ...

版主你好，多谢你的回复。因为dump文件中没有原子的拓扑信息，导入到VMD中采用CPK显示的话原子之间的键都是乱的，因此希望能从data文件得到拓扑结构，再结合dump文件就能在VMD里得到想要的构型。
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不忘记怀念,不停止向前
5楼2013-06-18 17:20:04
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 大仲的马 at 2013-06-18 17:20:04
版主你好，多谢你的回复。因为dump文件中没有原子的拓扑信息，导入到VMD中采用CPK显示的话原子之间的键都是乱的，因此希望能从data文件得到拓扑结构，再结合dump文件就能在VMD里得到想要的构型。...

我印象中好像有人做过类似的脚本程序，你搜索一下吧。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

大仲的马
6楼2013-06-18 20:05:29
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大仲的马

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-18 20:05:29
我印象中好像有人做过类似的脚本程序，你搜索一下吧。...

好的，多谢
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不忘记怀念,不停止向前
7楼2013-06-18 20:32:03
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 大仲的马 at 2013-06-18 20:32:03
好的，多谢...

楼主你好，我也想在CPK中显示成键信息，不知道你的问题最后怎么解决的呢？谢谢你
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8楼2013-10-08 22:23:10
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大仲的马

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wj925806 at 2013-10-08 22:23:10
楼主你好，我也想在CPK中显示成键信息，不知道你的问题最后怎么解决的呢？谢谢你...

我也还没解决。。。
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不忘记怀念,不停止向前
9楼2013-10-09 18:54:27
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zxx103837

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主，你最后解决了嘛？那个tools里只有个readme，也没有转换的相关工具啊、、你是怎么转换的？
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10楼2013-10-28 16:41:35
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