| 查看: 1399 | 回复: 4 | ||
liyincumt金虫 (职业作家)
小学生
|
[求助]
LAMMPS是否适用于研究小型有机分子的溶剂效应？
|
|
大家好！ 我的研究课题是主客体的相互作用。主体分子一般是冠醚和杯芳烃，客体分子一般是苯酚与金属阳离子。最近看到一篇文献，作者用AMBER研究了不同溶剂（甲醇，乙腈，氯仿）环境下，分子的构型以及相互作用的能量。我最近的研究项目也正好是溶剂效应的问题，我所使用的溶剂是甲醇，乙醇和丁醇。所以本打算按照作者的研究方法开始学习AMBER，后来发现AMBER不是free，所以放弃了。实验室一哥们向我推荐LAMMPS，据说是免费软件。但他也只是听说，不是很了解。 想请教大家， 1. LAMMPS是完全free吗? 2. LAMMPS是否适用于我所研究的体系，我想得到体系相互作用的焓，熵以及Gibbs自由能？ 3. 还有就是大概需要多长时间能上手？ 本人先阶段水平，了解MD的基本原理，会使用hyperchem中的MD功能。 |
回复此楼» 猜你喜欢
调剂
已经有6人回复
-
一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂
已经有12人回复
-
材料专硕(0856) 339分求调剂
已经有8人回复
-
377求调剂
已经有5人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有6人回复
-
一志愿南昌大学，085600，344分求调剂
已经有5人回复
-
308求调剂
已经有8人回复
-
找调剂
已经有9人回复
-
一志愿郑州大学085600求调剂
已经有12人回复
-
316求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 各位高手，怎么在windows下编译LAMMPS？
已经有4人回复
- lammps的时间步长问题
已经有16人回复
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
- lammps中固定键长
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【讨论】想学lammps是否应该先学习C++
已经有28人回复
- 【讨论】lammps-怪异的group温度
已经有9人回复
- 【讨论】lammps中怎样检验模拟系统在NVT系综下弛豫是否达到平衡？
已经有6人回复
- 【讨论】LAMMPS 在高性能计算机上测试，这样的结果正常吗
已经有5人回复
- 【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题
已经有14人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liyincumt: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢指教！ 2012-04-17 21:28:42
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-04-18 07:46:47
感谢参与，应助指数 +1
liyincumt: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢指教！ 2012-04-17 21:28:42
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-04-18 07:46:47
| 我的专业主要涉及用MD做蛋白质和小分子的模拟，看了一下你的情况，如果配体是苯酚，我觉得amber是很适合的，也可以得到分子构型和相互作用的能量（其特有的MM-PBSA特别适用于你的研究）。上手不算太快，但是官网资料齐全，学习起来比较方便。lammps比较适合用于金属材料的模拟（我没用过）,金属离子作为配体的模拟我不太清楚。要是还要用免费的软件，可以试试gromacs.这个上手快，但是对于相互作用的描述现阶段还比较弱，用FEP或者LIE都是比较慢的过程。 |
2楼2012-04-17 20:13:55
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22493.2
- 散金: 741
- 红花: 5
- 帖子: 3277
- 在线: 665小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-04-17 21:28:20
4楼2012-04-17 21:33:05
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22493.2
- 散金: 741
- 红花: 5
- 帖子: 3277
- 在线: 665小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2012-04-17 22:19:23
