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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS是否适用于研究小型有机分子的溶剂效应？
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

[求助] LAMMPS是否适用于研究小型有机分子的溶剂效应？

大家好！

我的研究课题是主客体的相互作用。主体分子一般是冠醚和杯芳烃，客体分子一般是苯酚与金属阳离子。最近看到一篇文献，作者用AMBER研究了不同溶剂（甲醇，乙腈，氯仿）环境下，分子的构型以及相互作用的能量。我最近的研究项目也正好是溶剂效应的问题，我所使用的溶剂是甲醇，乙醇和丁醇。所以本打算按照作者的研究方法开始学习AMBER，后来发现AMBER不是free，所以放弃了。实验室一哥们向我推荐LAMMPS，据说是免费软件。但他也只是听说，不是很了解。

想请教大家，
1. LAMMPS是完全free吗?
2. LAMMPS是否适用于我所研究的体系，我想得到体系相互作用的焓，熵以及Gibbs自由能？
3. 还有就是大概需要多长时间能上手？

本人先阶段水平，了解MD的基本原理，会使用hyperchem中的MD功能。
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千里之行，始于足下
1楼 2012-04-17 17:12:42
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liyincumt: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢指教！ 2012-04-17 21:28:42
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-04-18 07:46:47
我的专业主要涉及用MD做蛋白质和小分子的模拟，看了一下你的情况，如果配体是苯酚，我觉得amber是很适合的，也可以得到分子构型和相互作用的能量（其特有的MM-PBSA特别适用于你的研究）。上手不算太快，但是官网资料齐全，学习起来比较方便。lammps比较适合用于金属材料的模拟（我没用过）,金属离子作为配体的模拟我不太清楚。要是还要用免费的软件，可以试试gromacs.这个上手快，但是对于相互作用的描述现阶段还比较弱，用FEP或者LIE都是比较慢的过程。
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2楼2012-04-17 20:13:55
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-17 20:13:55:
我的专业主要涉及用MD做蛋白质和小分子的模拟，看了一下你的情况，如果配体是苯酚，我觉得amber是很适合的，也可以得到分子构型和相互作用的能量（其特有的MM-PBSA特别适用于你的研究）。上手不算太快，但是官网资 ...

谢谢zh1987hs的指教！
我想先试着安装ambertools。但是目前有个棘手的问题，就是当我./configure的时候，总是提示permission denied，我用的是root权限, ubuntu系统。
还请版主指教。
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千里之行，始于足下
3楼2012-04-17 21:28:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
3楼: Originally posted by liyincumt at 2012-04-17 21:28:20:
谢谢zh1987hs的指教！
我想先试着安装ambertools。但是目前有个棘手的问题，就是当我./configure的时候，总是提示permission denied，我用的是root权限, ubuntu系统。
还请版主指教。

在命令前+ sudo试试
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4楼2012-04-17 21:33:05
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-04-17 21:33:05:
在命令前+ sudo试试

已解决，因为我的AMBERTOOLS放在NTFS分区下，而在此种文件系统下，su也没有权限，当把它拷贝到ex4分区下，就可以正常安装了。
谢谢版主的帮忙！
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千里之行，始于足下
5楼2012-04-17 22:19:23
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