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liyincumt金虫 (职业作家)
小学生
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[求助]
LAMMPS是否适用于研究小型有机分子的溶剂效应？
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大家好！ 我的研究课题是主客体的相互作用。主体分子一般是冠醚和杯芳烃，客体分子一般是苯酚与金属阳离子。最近看到一篇文献，作者用AMBER研究了不同溶剂（甲醇，乙腈，氯仿）环境下，分子的构型以及相互作用的能量。我最近的研究项目也正好是溶剂效应的问题，我所使用的溶剂是甲醇，乙醇和丁醇。所以本打算按照作者的研究方法开始学习AMBER，后来发现AMBER不是free，所以放弃了。实验室一哥们向我推荐LAMMPS，据说是免费软件。但他也只是听说，不是很了解。 想请教大家， 1. LAMMPS是完全free吗? 2. LAMMPS是否适用于我所研究的体系，我想得到体系相互作用的焓，熵以及Gibbs自由能？ 3. 还有就是大概需要多长时间能上手？ 本人先阶段水平，了解MD的基本原理，会使用hyperchem中的MD功能。 |
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liyincumt
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5楼2012-04-17 22:19:23
【答案】应助回帖
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jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-04-18 07:46:47
| 我的专业主要涉及用MD做蛋白质和小分子的模拟，看了一下你的情况，如果配体是苯酚，我觉得amber是很适合的，也可以得到分子构型和相互作用的能量（其特有的MM-PBSA特别适用于你的研究）。上手不算太快，但是官网资料齐全，学习起来比较方便。lammps比较适合用于金属材料的模拟（我没用过）,金属离子作为配体的模拟我不太清楚。要是还要用免费的软件，可以试试gromacs.这个上手快，但是对于相互作用的描述现阶段还比较弱，用FEP或者LIE都是比较慢的过程。 |
2楼2012-04-17 20:13:55
liyincumt
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