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大仲的马

木虫 (小有名气)

[求助] lammps中tools的lmp2VMD

想用lmp2vmd这个工具将data文件转化为能被vmd读取的psf文件,但捣鼓了半天没成功,不知有没有大神用过,求教!
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不忘记怀念,不停止向前
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zxx103837

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主,你最后解决了嘛?那个tools里只有个readme,也没有转换的相关工具啊、、你是怎么转换的?
10楼2013-10-28 16:41:35
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查看全部 12 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
问题:
你了解 data 文件和 psf 文件的文件内容和意义吗?
你了解这两种文件内存储数据的格式吗?
2楼2013-06-18 14:30:04
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大仲的马

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-06-18 14:30:04
问题:
你了解 data 文件和 psf 文件的文件内容和意义吗?
你了解这两种文件内存储数据的格式吗?

data了解,lammps算的data都是自己写的,但psf文件不了解,希望能利用工具将data里面的键信息导入vmd中,不知道能不能行。
不忘记怀念,不停止向前
3楼2013-06-18 16:28:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 大仲的马 at 2013-06-18 16:28:53
data了解,lammps算的data都是自己写的,但psf文件不了解,希望能利用工具将data里面的键信息导入vmd中,不知道能不能行。...

根据我的理解,你不能把data文件只转换成psf文件,因为data文件中不仅有原子的坐标(x,y,z),还应该包括原子的电荷信息,原子之间的成键,角,二面角等等拓扑信息,还有键长键能等。

而psf文件主要存储的拓扑信息。

不理解你为何想把lammps的data文件导入到vmd,这样多麻烦啊。你可以直接把lammps 输出的 dump文件直接导入到VMD 啊
4楼2013-06-18 16:44:22
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