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sdzjc1988木虫 (小有名气)
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求教：LAMMPS中DNA的分子建模
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| 求教, 本人想用LAMMPS做DNA的分子动力学模拟，但不知道如何获得DNA的data文件，请问有人知道如何构建DNA的分子模型吗？多谢指点，万分感谢~~ |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
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sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
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做DNA相关的模拟，推荐使用NAMD或者gromacs吧，这两款更适合做生物分子模拟，你找找相关的文献，很少用lammps做。 lammps更适合做材料相关的模拟，而且lammps处理生物分子相关的模拟的适合，很多重要的信息处理起来很麻烦，比如残基，链等相关的信息。 DNA分子建模参考NAMD手册，介绍的非常非常详细。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这部分 |
3楼2012-03-23 08:28:35
sdzjc19885楼2012-03-23 08:34:50
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-26 21:02:32
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-26 21:02:32
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你没有认真看我的回复哦，我上面给出的链接里就有非常详细的建模过程，当然有DNA分子的势函数，这个用的是CHARMM势 好吧，大家都还是新手，都希望得到的帮助越详细越好，http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 这个就是charmm力场的下载地址 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-3-25 at 19:01 ] |
9楼2012-03-25 18:58:33
wangzg9292
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sdzjc1988
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wangzg9292
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8楼2012-03-25 10:56:56
wangzg9292
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