| 查看: 3624 | 回复: 10 | |||
sdzjc1988木虫 (小有名气)
|
[求助]
求教：LAMMPS中DNA的分子建模
|
||
| 求教, 本人想用LAMMPS做DNA的分子动力学模拟，但不知道如何获得DNA的data文件，请问有人知道如何构建DNA的分子模型吗？多谢指点，万分感谢~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
关于Filecode分析方法
已经有5人回复
-
2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B?
已经有8人回复
-
不应该看fileCode
已经有6人回复
-
好奇怪的filecode
已经有6人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有21人回复
-
长年满屏的广告，版主太不责任了。基金也等的急
已经有4人回复
-
filecode
已经有15人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有35人回复
-
职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊
已经有4人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
- 在LAMMPS中怎么建立图示的模型
已经有6人回复
- 寻求lammps的应用 欢迎大家畅所欲言
已经有8人回复
- lammps中固定键长
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题
已经有8人回复
- 【讨论】想学lammps是否应该先学习C++
已经有28人回复
- 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟？
已经有8人回复
- 【讨论】lammps中利用velocity命令无法控制住速度问题
已经有11人回复
- 【讨论】lammps中关于fix ave/spatial命令的输出问题
已经有4人回复
- 【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题
已经有14人回复
- 【求助】MS建模导入lammps问题求救
已经有14人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
|
做DNA相关的模拟，推荐使用NAMD或者gromacs吧，这两款更适合做生物分子模拟，你找找相关的文献，很少用lammps做。 lammps更适合做材料相关的模拟，而且lammps处理生物分子相关的模拟的适合，很多重要的信息处理起来很麻烦，比如残基，链等相关的信息。 DNA分子建模参考NAMD手册，介绍的非常非常详细。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这部分 |
3楼2012-03-23 08:28:35
sdzjc19885楼2012-03-23 08:34:50
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-26 21:02:32
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-26 21:02:32
|
你没有认真看我的回复哦，我上面给出的链接里就有非常详细的建模过程，当然有DNA分子的势函数，这个用的是CHARMM势 好吧，大家都还是新手，都希望得到的帮助越详细越好，http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 这个就是charmm力场的下载地址 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-3-25 at 19:01 ] |
9楼2012-03-25 18:58:33
wangzg9292
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3933
- 散金: 56
- 帖子: 348
- 在线: 89.6小时
- 虫号: 723844
- 注册: 2009-03-16
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2012-03-23 08:18:50
4楼2012-03-23 08:29:07
sdzjc1988
木虫 (小有名气)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 1695.4
- 红花: 4
- 帖子: 208
- 在线: 237.2小时
- 虫号: 1164293
- 注册: 2010-12-07
- 专业: 工程热力学
6楼2012-03-23 08:38:47
sdzjc1988
木虫 (小有名气)
- 应助: 37 (小学生)
- 金币: 1695.4
- 红花: 4
- 帖子: 208
- 在线: 237.2小时
- 虫号: 1164293
- 注册: 2010-12-07
- 专业: 工程热力学
7楼2012-03-23 08:40:01
wangzg9292
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3933
- 散金: 56
- 帖子: 348
- 在线: 89.6小时
- 虫号: 723844
- 注册: 2009-03-16
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
8楼2012-03-25 10:56:56
wangzg9292
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3933
- 散金: 56
- 帖子: 348
- 在线: 89.6小时
- 虫号: 723844
- 注册: 2009-03-16
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
10楼2012-03-26 08:42:26
