应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD怎么读取data文件？
151/2返回列表12下一页
查看: 7937  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

[求助] VMD怎么读取data文件？ 已有5人参与

为了验证自己写的data文件对不对，我想用VMD导入data文件看看，但是不晓得怎么读取？求指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我若盛开，蝴蝶自来
1楼 2015-03-25 10:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-24 17:20:11
链接打不开，想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开，输入这个命令之前是否先导入你什么的？或者要操作一些什么呢？...

好吧，没想到google site也被墙掉了。

你可以在网上搜lammps topotools看是否有相关资料。

读取data文件的大致方法是
Extentions -> Tk consoles

在Tk consoles的窗口里cd到你data文件所在的路径，然后

topo readlammpsdata nameofyourfile.data

就可以读取文件了。
赞一下(4人) 回复此楼
10楼2015-03-26 13:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-25 10:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 03:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

google sites访问不了啊~
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-25 11:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 10:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

链接打不开，想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开，输入这个命令之前是否先导入你什么的？或者要操作一些什么呢？
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
4楼2015-03-25 13:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接打开VMD，在File中选New Molecule...，然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。
赞一下 回复此楼
每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
5楼2015-03-25 15:47:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 15:47:36
直接打开VMD，在File中选New Molecule...，然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。

data文件也行嘛？文件类型选什么？自动选择“automatically”时也导入不了耶
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
6楼2015-03-25 17:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 17:04:26
data文件也行嘛？文件类型选什么？自动选择“automatically”时也导入不了耶...

你的data数据是从哪个软件里得到的，就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行，我用LAMMPS，所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。
赞一下 回复此楼
每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
7楼2015-03-25 20:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 20:29:53
你的data数据是从哪个软件里得到的，就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行，我用LAMMPS，所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。...

我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的，类型选择lammps trajectory也不对呢？文件名*.data不用改吧？麻烦问一下还有什么注意事项吗？我不知道是不是自己哪里做的不对？
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
8楼2015-03-25 20:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 20:51:43
我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的，类型选择lammps trajectory也不对呢？文件名*.data不用改吧？麻烦问一下还有什么注意事项吗？我不知道是不是自己哪里做的不对？...

额，我是用dump导出来的，导出来的好像是dump.***，这个文件用lammps trajectory没有问题。。。
赞一下 回复此楼
每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
9楼2015-03-25 21:20:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 对天空说lrj 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 14:22 by 0aDbZAghdVq9
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 11:58 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-15 07:23 by xSrQNSSjcgoX
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:44 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:22 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:11 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:00 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:10 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 6/300 2026-11-15 02:59 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 9/450 2026-11-15 02:04 by xSrQNSSjcgoX
[文学芳草园] 厉娜 +4 张丹枫1991 2026-11-09 6/300 2026-11-15 00:48 by Equinoxhua
[考博] 27博士 +6 锦鲤送福至 2026-11-10 6/300 2026-11-14 21:23 by xupeii
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 13:02 by ECLTXnJnRSXf
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 4/200 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭