应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » VMD怎么读取data文件？
151/2返回列表12下一页
查看: 7722  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

[求助] VMD怎么读取data文件？ 已有5人参与

为了验证自己写的data文件对不对，我想用VMD导入data文件看看，但是不晓得怎么读取？求指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我若盛开，蝴蝶自来
1楼 2015-03-25 10:12:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-24 17:20:11
链接打不开，想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开，输入这个命令之前是否先导入你什么的？或者要操作一些什么呢？...

好吧，没想到google site也被墙掉了。

你可以在网上搜lammps topotools看是否有相关资料。

读取data文件的大致方法是
Extentions -> Tk consoles

在Tk consoles的窗口里cd到你data文件所在的路径，然后

topo readlammpsdata nameofyourfile.data

就可以读取文件了。
赞一下(4人) 回复此楼
10楼2015-03-26 13:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-25 10:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

WanderingHeart

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 03:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

google sites访问不了啊~
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-25 11:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-25 10:53:10
https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools
看里面的例子。

topo readlammpsdata *.data

链接打不开，想问直接在VMD里面输入这个命令并不好用提示打不开，输入这个命令之前是否先导入你什么的？或者要操作一些什么呢？
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
4楼2015-03-25 13:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接打开VMD，在File中选New Molecule...，然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。
赞一下 回复此楼
每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
5楼2015-03-25 15:47:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 15:47:36
直接打开VMD，在File中选New Molecule...，然后根据跳出来的窗口选择载入你的数据文件就好了。

data文件也行嘛？文件类型选什么？自动选择“automatically”时也导入不了耶
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
6楼2015-03-25 17:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 17:04:26
data文件也行嘛？文件类型选什么？自动选择“automatically”时也导入不了耶...

你的data数据是从哪个软件里得到的，就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行，我用LAMMPS，所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。
赞一下 回复此楼
每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
7楼2015-03-25 20:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zzqzzq2007 at 2015-03-25 20:29:53
你的data数据是从哪个软件里得到的，就对应到下选栏里面选择该软件相关的就行，我用LAMMPS，所以只知道选LAMMPS相关的那个。。。...

我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的，类型选择lammps trajectory也不对呢？文件名*.data不用改吧？麻烦问一下还有什么注意事项吗？我不知道是不是自己哪里做的不对？
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
8楼2015-03-25 20:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzqzzq2007

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-03-25 20:51:43
我也是用lammps里面的msi2lmp导出来的，类型选择lammps trajectory也不对呢？文件名*.data不用改吧？麻烦问一下还有什么注意事项吗？我不知道是不是自己哪里做的不对？...

额，我是用dump导出来的，导出来的好像是dump.***，这个文件用lammps trajectory没有问题。。。
赞一下 回复此楼
每个优秀的人，都有一段沉默的时光。那一段时光，是付出了很多努力，忍受孤独和寂寞，不抱怨不诉苦，日后说起时，连自己都能被感动的日子。
9楼2015-03-25 21:20:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 对天空说lrj 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+3 winsaint 2026-08-27 6/300 2026-08-28 01:46 by alongwaytogo
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-28 01:23 by xxniao123
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +9 Kittylucky 2026-08-27 9/450 2026-08-28 01:08 by jurkat.1640
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金不中，共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭