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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps想从之前的计算过程中，取出几个构型应该怎么做
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lyt93

新虫 (初入文坛)

[交流] lammps想从之前的计算过程中，取出几个构型应该怎么做

我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下
我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟
我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢？
不会拿这些坐标重新写个data吧
那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊

求大神支招啊



我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么？
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1楼 2015-05-22 13:49:58
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以尝试的方法：
1. 试试rerun命令，读取你的轨迹文件，然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚，但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40 dump xyz
然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。

2. 用VMD打开你的轨迹文件，选择你所需要的那帧，然后输出即可。

3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧，这个也不难。
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9楼2015-05-23 05:35:50
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abinitio

版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知你是否写了restart文件，如果写了，可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令，但可以通过lmp加参数实现这个功能，具体我也忘了，看看lammps说明书吧
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7楼2015-05-23 00:08:51
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wegreen

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
进行其他的模拟不就是要重新写data吗？你的思路应该是对的
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8楼2015-05-23 05:15:57
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lyt93

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lsloneil at 2015-05-23 05:35:50
可以尝试的方法：
1. 试试rerun命令，读取你的轨迹文件，然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚，但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40  ...

十分感谢
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10楼2015-05-23 17:43:42
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