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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Coarse-grain构型搭建
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Y224365

木虫 (小有名气)

[求助] Coarse-grain构型搭建 已有3人参与

最近看到有使用VMD进行把全原子模型转化为CG模型的，想问一下就步骤是什么？还有lammps自带的VOTCA主页进不去是怎么回事。哪位大神能够总结一下lammps粗粒化的建模步骤呢？求指教。
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1楼 2015-05-12 19:34:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的思想内涵。
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2楼2015-05-13 13:54:27
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普通回帖

whl_nick

新虫 (初入文坛)
nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear
[proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory)

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 255
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
像这样的问题怎么解决？
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3楼2015-05-13 17:18:54
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Y224365

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-13 13:54:27
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的 ...

好的，我看看

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2015-05-14 17:01:55
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Y224365

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by whl_nick at 2015-05-13 17:18:54
nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear
HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory)

=== ...

好像是命令打错了，你把./去掉试试。
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5楼2015-05-14 20:31:59
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Ergon

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主，不知道你做的体系是什么，我见大部分都是做是生物分子。我想做的是纳米材料。
我最近也在做粗粒化模拟，打算用lammps来做，现在主要是建模和势函数问题上卡着，还有就是不熟悉lammps。
建模我打算用的是全原子替代粗粒子。
势函数估计得看文献，不过还没弄到势函数上去。
我对lammps也就是刚入门的级别，对于要求的性质和相关的lammps命令不太懂，本来打算用lj势简单做做的。可是要计算相关性质时傻了眼，也不知道算什么，和用什么命令
（但是我猜想对于熟悉lammps和分子动力学模拟的高手来说这个应该是个小问题）还请楼主多多指点。
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认真生活
6楼2015-05-14 23:17:54
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Y224365

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Ergon at 2015-05-14 23:17:54
楼主，不知道你做的体系是什么，我见大部分都是做是生物分子。我想做的是纳米材料。
我最近也在做粗粒化模拟，打算用lammps来做，现在主要是建模和势函数问题上卡着，还有就是不熟悉lammps。
建模我打算用的是全原 ...

我也是在刚学不久，相互学习啊。
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7楼2015-05-18 09:37:03
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136zhangpong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-13 13:54:27
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的 ...

同学，有没有Coarse-grained 用于amber或gromacs的教程？求发一份
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8楼2015-08-24 14:01:58
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

建模 可以参看 tools/moltemplate
是函数可以自己给，也可以自动给。

建议从自带的example看起
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9楼2015-08-24 22:39:21
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chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 136zhangpong at 2015-08-24 14:01:58
同学，有没有Coarse-grained 用于amber或gromacs的教程？求发一份...

抱歉，我没有。这个应该在网上可以下载到吧！
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10楼2015-08-27 12:42:01
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