应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Coarse-grain构型搭建
51/1返回列表
查看: 2719  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Y224365

木虫 (小有名气)

[求助] Coarse-grain构型搭建 已有3人参与

最近看到有使用VMD进行把全原子模型转化为CG模型的，想问一下就步骤是什么？还有lammps自带的VOTCA主页进不去是怎么回事。哪位大神能够总结一下lammps粗粒化的建模步骤呢？求指教。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-05-12 19:34:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Y224365

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Ergon at 2015-05-14 23:17:54
楼主，不知道你做的体系是什么，我见大部分都是做是生物分子。我想做的是纳米材料。
我最近也在做粗粒化模拟，打算用lammps来做，现在主要是建模和势函数问题上卡着，还有就是不熟悉lammps。
建模我打算用的是全原 ...

我也是在刚学不久，相互学习啊。
赞一下 回复此楼
7楼2015-05-18 09:37:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的思想内涵。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-05-13 13:54:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl_nick

新虫 (初入文坛)
nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear
[proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory)

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 255
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
像这样的问题怎么解决？
赞一下 回复此楼
3楼2015-05-13 17:18:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Y224365

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-13 13:54:27
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的 ...

好的，我看看

[ 发自小木虫客户端 ]
回复此楼
4楼2015-05-14 17:01:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +6 Ldrop2023 2026-08-13 6/300 2026-08-15 10:09 by tuanggou
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 7/350 2026-08-15 09:09 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +24 医学老男孩 2026-08-13 50/2500 2026-08-15 06:38 by 学员8dgXkO
[基金申请] filecode +7 cratir 2026-08-14 11/550 2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭