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Coarse-grain构型搭建 已有3人参与
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| 最近看到有使用VMD进行把全原子模型转化为CG模型的，想问一下就步骤是什么？还有lammps自带的VOTCA主页进不去是怎么回事。哪位大神能够总结一下lammps粗粒化的建模步骤呢？求指教。 |
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Ergon
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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楼主，不知道你做的体系是什么，我见大部分都是做是生物分子。我想做的是纳米材料。 我最近也在做粗粒化模拟，打算用lammps来做，现在主要是建模和势函数问题上卡着，还有就是不熟悉lammps。 建模我打算用的是全原子替代粗粒子。 势函数估计得看文献，不过还没弄到势函数上去。 我对lammps也就是刚入门的级别，对于要求的性质和相关的lammps命令不太懂，本来打算用lj势简单做做的。可是要计算相关性质时傻了眼，也不知道算什么，和用什么命令 （但是我猜想对于熟悉lammps和分子动力学模拟的高手来说这个应该是个小问题）还请楼主多多指点。 |
6楼2015-05-14 23:17:54
chuntao118
新虫 (著名写手)
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- 专业: 计算数学与科学工程计算
2楼2015-05-13 13:54:27
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nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear [proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory) =================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 255 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== 像这样的问题怎么解决？ |
3楼2015-05-13 17:18:54
4楼2015-05-14 17:01:55
