| 查看: 2713 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
Coarse-grain构型搭建 已有3人参与
|
|||
| 最近看到有使用VMD进行把全原子模型转化为CG模型的，想问一下就步骤是什么？还有lammps自带的VOTCA主页进不去是怎么回事。哪位大神能够总结一下lammps粗粒化的建模步骤呢？求指教。 |
回复此楼» 猜你喜欢
FileCode能看出啥？
已经有23人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有36人回复
-
关于Filecode分析方法
已经有9人回复
-
2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B?
已经有10人回复
-
不应该看fileCode
已经有6人回复
-
好奇怪的filecode
已经有6人回复
-
长年满屏的广告，版主太不责任了。基金也等的急
已经有4人回复
-
filecode
已经有15人回复
-
职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊
已经有4人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有10人回复
Ergon
金虫 (著名写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1332.5
- 散金: 220
- 红花: 5
- 沙发: 2
- 帖子: 1553
- 在线: 105.5小时
- 虫号: 3295777
- 注册: 2014-06-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
楼主，不知道你做的体系是什么，我见大部分都是做是生物分子。我想做的是纳米材料。 我最近也在做粗粒化模拟，打算用lammps来做，现在主要是建模和势函数问题上卡着，还有就是不熟悉lammps。 建模我打算用的是全原子替代粗粒子。 势函数估计得看文献，不过还没弄到势函数上去。 我对lammps也就是刚入门的级别，对于要求的性质和相关的lammps命令不太懂，本来打算用lj势简单做做的。可是要计算相关性质时傻了眼，也不知道算什么，和用什么命令 （但是我猜想对于熟悉lammps和分子动力学模拟的高手来说这个应该是个小问题）还请楼主多多指点。 |
6楼2015-05-14 23:17:54
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
2楼2015-05-13 13:54:27
|
nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear [proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory) =================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 255 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== 像这样的问题怎么解决？ |
3楼2015-05-13 17:18:54
4楼2015-05-14 17:01:55
