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Y224365

木虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
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虫号: 2474028
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专业: 理论和计算化学

[求助] Coarse-grain构型搭建已有3人参与

最近看到有使用VMD进行把全原子模型转化为CG模型的，想问一下就步骤是什么？还有lammps自带的VOTCA主页进不去是怎么回事。哪位大神能够总结一下lammps粗粒化的建模步骤呢？求指教。

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1楼 2015-05-12 19:34:25

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136zhangpong

新虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
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在线: 28.2小时
虫号: 2745147
注册: 2013-10-19
专业: 计算数学与科学工程计算

引用回帖:

2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-13 13:54:27
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的 ...

同学，有没有Coarse-grained 用于amber或gromacs的教程？求发一份

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8楼2015-08-24 14:01:58

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chuntao118

新虫 (著名写手)

应助: 93 (初中生)
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红花: 25
帖子: 1611
在线: 241.2小时
虫号: 1791567
注册: 2012-05-02
专业: 计算数学与科学工程计算

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的思想内涵。

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2楼2015-05-13 13:54:27

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whl_nick

新虫 (初入文坛)

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虫号: 1760161
注册: 2012-04-17
专业: 金属基复合材料

nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear
[proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory)

===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= EXIT CODE: 255
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
像这样的问题怎么解决？

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3楼2015-05-13 17:18:54

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