应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Coarse-grain构型搭建
51/1返回列表
查看: 2544  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Y224365

木虫 (小有名气)

[求助] Coarse-grain构型搭建 已有3人参与

最近看到有使用VMD进行把全原子模型转化为CG模型的，想问一下就步骤是什么？还有lammps自带的VOTCA主页进不去是怎么回事。哪位大神能够总结一下lammps粗粒化的建模步骤呢？求指教。
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-05-12 19:34:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

建模 可以参看 tools/moltemplate
是函数可以自己给，也可以自动给。

建议从自带的example看起
赞一下 回复此楼
9楼2015-08-24 22:39:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的思想内涵。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-05-13 13:54:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whl_nick

新虫 (初入文坛)
nick@nick-B85M-D3V:~/lmp/lammps/examples/shear$ mpirun –np 4 ./lmp_serial<in.shear
[proxy:0:0@nick-B85M-D3V] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:75): execvp error on file –np (No such file or directory)

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 255
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
像这样的问题怎么解决？
赞一下 回复此楼
3楼2015-05-13 17:18:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Y224365

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-05-13 13:54:27
建议读篇文献《Perspective Coarse-grained models for biomolecular systems》，读后你就会明白的，有些东西不需要说的，要好好的体会文章的内涵和思想。若要借助程序包来研究的话，可能毕业也没有整明白一个原创的 ...

好的，我看看

[ 发自小木虫客户端 ]
回复此楼
4楼2015-05-14 17:01:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料类284调剂 +23 想换手机不想解� 2026-04-08 27/1350 2026-04-09 08:40 by byk122723822
[考研] 0860004 求调剂 309分 +5 Yin DY 2026-04-08 5/250 2026-04-09 08:16 by may_新宇
[考研] 349学科化学045106求调剂，化学类都可以 +7 保好懂懂 2026-04-08 7/350 2026-04-09 07:37 by jp9609
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 生物与医药273求调剂 +17 荔题南墙 2026-04-05 18/900 2026-04-08 19:12 by 我减肥1
[考研] 304求调剂 +10 素年祭语 2026-04-06 17/850 2026-04-08 09:05 by 蓝云思雨
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +35 lllllos 2026-04-04 39/1950 2026-04-07 23:24 by 一只好果子?
[考研] 259求调剂 +5 就爱吃土豆呀呀 2026-04-07 5/250 2026-04-07 22:40 by JourneyLucky
[考研] 305求调剂 +4 77Qi 2026-04-06 4/200 2026-04-07 20:06 by shanqishi
[考研] 26自然地理学303分求调剂 +4 一战成硕啊啊啊� 2026-04-06 9/450 2026-04-06 20:35 by lin-da
[考研] 工科277分求调剂材料 +8 上了上了上哦 2026-04-05 9/450 2026-04-05 13:05 by wwytracy
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-04 4/200 2026-04-05 09:44 by zhq0425
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 初试成绩337找调剂 +3 ??? ?. ? 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:43 by 土木硕士招生
[考研] 320求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:40 by 土木硕士招生
[考研] 求调剂 +3 心想事成可 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:22 by wangjy2002
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭