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[交流]
lammps想从之前的计算过程中，取出几个构型应该怎么做
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我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下 我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟 我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢？ 不会拿这些坐标重新写个data吧 那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊 求大神支招啊 我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么？ |
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7楼2015-05-23 00:08:51
8楼2015-05-23 05:15:57
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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可以尝试的方法： 1. 试试rerun命令，读取你的轨迹文件，然后再某一步的时候把构型输出。 http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html 具体怎么做我不是很清楚，但也许可以用这样的语法 rerun dump.xyz last 40 dump xyz 然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。 2. 用VMD打开你的轨迹文件，选择你所需要的那帧，然后输出即可。 3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧，这个也不难。 |
9楼2015-05-23 05:35:50
10楼2015-05-23 17:43:42
11楼2015-05-23 17:44:50
简单回复
2015-05-22 14:03
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lyt93(金币+1): 谢谢参与
shcj3楼
2015-05-22 14:22
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dmbb4楼
2015-05-22 18:29
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假大空5楼
2015-05-22 18:38
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2015-05-22 18:53
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