应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps想从之前的计算过程中，取出几个构型应该怎么做
111/1返回列表
查看: 1444  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lyt93

新虫 (初入文坛)

[交流] lammps想从之前的计算过程中，取出几个构型应该怎么做

我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下
我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟
我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢？
不会拿这些坐标重新写个data吧
那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊

求大神支招啊



我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2015-05-22 13:49:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知你是否写了restart文件，如果写了，可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令，但可以通过lmp加参数实现这个功能，具体我也忘了，看看lammps说明书吧
赞一下 回复此楼
7楼2015-05-23 00:08:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wegreen

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
进行其他的模拟不就是要重新写data吗？你的思路应该是对的
赞一下 回复此楼
8楼2015-05-23 05:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以尝试的方法：
1. 试试rerun命令，读取你的轨迹文件，然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚，但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40 dump xyz
然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。

2. 用VMD打开你的轨迹文件，选择你所需要的那帧，然后输出即可。

3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧，这个也不难。
赞一下 回复此楼
9楼2015-05-23 05:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lsloneil at 2015-05-23 05:35:50
可以尝试的方法：
1. 试试rerun命令，读取你的轨迹文件，然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚，但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40  ...

十分感谢
回复此楼
10楼2015-05-23 17:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-23 00:08:51
不知你是否写了restart文件，如果写了，可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令，但可以通过lmp加参数实现这个功能，具体我也忘了，看看lammps说明书吧

感谢
回复此楼
11楼2015-05-23 17:44:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
SilenceGoo2楼
2015-05-22 14:03   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
shcj3楼
2015-05-22 14:22   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
dmbb4楼
2015-05-22 18:29   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
假大空5楼
2015-05-22 18:38   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
jixiangbao6楼
2015-05-22 18:53   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 lyt93 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 16:52 by Z9YWQ5EAO3qp
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 16:45 by Z9YWQ5EAO3qp
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 6/300 2026-09-30 16:26 by Z9YWQ5EAO3qp
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 13:35 by C3vABopYbZJS
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +4 tianxiaoxian 2026-09-28 7/350 2026-09-30 08:34 by 88817753
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-29 19:27 by cqwQDCxMcL3I
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:47 by yCO1Ll7aHtsw
[博后之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-29 13:56 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭