24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1210  |  回复: 10

lyt93

新虫 (初入文坛)


[交流] lammps想从之前的计算过程中,取出几个构型应该怎么做

我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下
我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟
我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢?
不会拿这些坐标重新写个data吧
那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊

求大神支招啊



我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知你是否写了restart文件,如果写了,可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令,但可以通过lmp加参数实现这个功能,具体我也忘了,看看lammps说明书吧
7楼2015-05-23 00:08:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wegreen

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
进行其他的模拟不就是要重新写data吗?你的思路应该是对的
8楼2015-05-23 05:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以尝试的方法:
1. 试试rerun命令,读取你的轨迹文件,然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚,但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40 dump xyz
然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。

2. 用VMD打开你的轨迹文件,选择你所需要的那帧,然后输出即可。

3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧,这个也不难。
9楼2015-05-23 05:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
9楼: Originally posted by lsloneil at 2015-05-23 05:35:50
可以尝试的方法:
1. 试试rerun命令,读取你的轨迹文件,然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚,但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40  ...

十分感谢
10楼2015-05-23 17:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
7楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-23 00:08:51
不知你是否写了restart文件,如果写了,可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令,但可以通过lmp加参数实现这个功能,具体我也忘了,看看lammps说明书吧

感谢
11楼2015-05-23 17:44:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
2015-05-22 14:03   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
shcj3楼
2015-05-22 14:22   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
dmbb4楼
2015-05-22 18:29   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
假大空5楼
2015-05-22 18:38   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
2015-05-22 18:53   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 lyt93 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化工求调剂! +27 RichLi_ 2026-04-06 27/1350 2026-04-08 22:57 by jean5056
[考研] 一志愿211,0703化学305分求调剂 +20 严西西戏 2026-04-06 26/1300 2026-04-08 22:12 by 凯凯要变帅
[考研] 085404,285分求调剂 +4 薇薇考研 2026-04-07 4/200 2026-04-08 14:32 by zhq0425
[考研] 0702物理学学硕299求调剂 +4 祁柒连 2026-04-06 4/200 2026-04-08 13:56 by wutongshun
[考研] 287求调剂 +6 Fnhc 2026-04-07 6/300 2026-04-08 10:05 by xingguangj
[考研] 362求调剂 +8 我要考大 2026-04-06 12/600 2026-04-08 00:32 by JourneyLucky
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-02 14/700 2026-04-07 12:52 by Sammy2
[考研] 一志愿太原理工大学计算机技术专硕348,求调剂指导 +3 nexious 2026-04-05 3/150 2026-04-07 08:19 by jp9609
[考研] 277工科求调剂 +10 1915668 2026-04-04 11/550 2026-04-06 23:53 by 心媛意北
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +11 大火山小火山 2026-04-05 11/550 2026-04-06 22:55 by yunlongyang
[考研] 085600,320分求调剂 +16 大馋小子 2026-04-04 17/850 2026-04-06 07:58 by MOF_Catal
[考研] 求调剂 +7 张.1 2026-04-05 7/350 2026-04-05 20:40 by 啵啵啵0119
[考研] 296求调剂 +3 汪!?! 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:13 by 啵啵啵0119
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 358求调剂 +7 秋gk 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:29 by huangmoli
[考研] 一志愿0817化学工程与技术,求调剂 +24 我不是只因 2026-04-02 28/1400 2026-04-04 15:15 by dongzh2009
[考研] 专硕085601求调剂 +7 suyifei 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:00 by 欣喜777
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术,求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
信息提示
请填处理意见