24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1216  |  回复: 10

lyt93

新虫 (初入文坛)


[交流] lammps想从之前的计算过程中,取出几个构型应该怎么做

我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下
我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟
我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢?
不会拿这些坐标重新写个data吧
那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊

求大神支招啊



我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知你是否写了restart文件,如果写了,可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令,但可以通过lmp加参数实现这个功能,具体我也忘了,看看lammps说明书吧
7楼2015-05-23 00:08:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wegreen

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
进行其他的模拟不就是要重新写data吗?你的思路应该是对的
8楼2015-05-23 05:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以尝试的方法:
1. 试试rerun命令,读取你的轨迹文件,然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚,但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40 dump xyz
然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。

2. 用VMD打开你的轨迹文件,选择你所需要的那帧,然后输出即可。

3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧,这个也不难。
9楼2015-05-23 05:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
9楼: Originally posted by lsloneil at 2015-05-23 05:35:50
可以尝试的方法:
1. 试试rerun命令,读取你的轨迹文件,然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚,但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40  ...

十分感谢
10楼2015-05-23 17:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
7楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-23 00:08:51
不知你是否写了restart文件,如果写了,可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令,但可以通过lmp加参数实现这个功能,具体我也忘了,看看lammps说明书吧

感谢
11楼2015-05-23 17:44:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
2015-05-22 14:03   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
shcj3楼
2015-05-22 14:22   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
dmbb4楼
2015-05-22 18:29   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
假大空5楼
2015-05-22 18:38   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
2015-05-22 18:53   回复  
lyt93(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 lyt93 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 22408调剂求助 +3 毂12 2026-04-09 5/250 2026-04-09 23:21 by zhouyuwinner
[考研] 本科西工大 0856 324求调剂 +9 wysyjs25 2026-04-09 9/450 2026-04-09 22:18 by bljnqdcc
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550, 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 265求调剂 +4 风说她早忘了 2026-04-07 4/200 2026-04-09 13:59 by only周
[考博] 材料方向考博,求推荐 +3 言语aaa 2026-04-05 4/200 2026-04-08 22:22 by nxgogo
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 347材料专硕求调剂 +18 zj8215216 2026-04-06 18/900 2026-04-08 16:27 by luoyongfeng
[考研] 281求调剂 +10 椰子蘑菇 2026-04-06 10/500 2026-04-08 11:43 by zzucheup
[考研] 336求调剂,一志愿中科大 +9 墨彧 yuyu 2026-04-06 9/450 2026-04-08 11:24 by 想读书的菌菌
[考研] 338求调剂 +8 wxygxsaaaaa 2026-04-06 8/400 2026-04-08 06:58 by 无际的草原
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +35 lllllos 2026-04-04 39/1950 2026-04-07 23:24 by 一只好果子?
[考研] 305求调剂 +4 77Qi 2026-04-06 4/200 2026-04-07 20:06 by shanqishi
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 324求调剂 +3 k可乐 2026-04-05 4/200 2026-04-06 09:54 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 277求调剂 +5 考研调剂lxh 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:03 by chy09050039
[考研] 数一英一274机械调剂 +5 星陨流霞 2026-04-04 6/300 2026-04-05 11:38 by arrow8852
[考研] 能动调剂326专硕 +4 wan112233 2026-04-04 4/200 2026-04-04 22:47 by yu221
[考研] 323求调剂 +8 李佳乐1 2026-04-04 8/400 2026-04-04 22:26 by hemengdong
[考研] 274求调剂 +9 顺理成张 2026-04-03 10/500 2026-04-03 15:10 by 啊俊!
信息提示
请填处理意见