24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1211  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)


[交流] lammps想从之前的计算过程中,取出几个构型应该怎么做

我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下
我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟
我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢?
不会拿这些坐标重新写个data吧
那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊

求大神支招啊



我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyt93

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
9楼: Originally posted by lsloneil at 2015-05-23 05:35:50
可以尝试的方法:
1. 试试rerun命令,读取你的轨迹文件,然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚,但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40  ...

十分感谢
10楼2015-05-23 17:43:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知你是否写了restart文件,如果写了,可以用lammps下的restart2data将转为data。
好象新版本的lammps取消了这个命令,但可以通过lmp加参数实现这个功能,具体我也忘了,看看lammps说明书吧
7楼2015-05-23 00:08:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wegreen

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
进行其他的模拟不就是要重新写data吗?你的思路应该是对的
8楼2015-05-23 05:15:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以尝试的方法:
1. 试试rerun命令,读取你的轨迹文件,然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚,但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz  last 40 dump xyz
然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。

2. 用VMD打开你的轨迹文件,选择你所需要的那帧,然后输出即可。

3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧,这个也不难。
9楼2015-05-23 05:35:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +5 池池池池池池 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:23 by zhyzzh
[考研] 347材料专硕求调剂 +18 zj8215216 2026-04-06 18/900 2026-04-08 16:27 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +14 张zic 2026-04-05 15/750 2026-04-08 16:14 by 一只好果子?
[考研] 考研调剂 +11 冰冰,,, 2026-04-07 11/550 2026-04-08 15:08 by Delta2012
[考研] 材料专硕322分 +12 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-02 12/600 2026-04-08 11:43 by 1753564080
[考研] 312 化工或制药调剂 +9 小小墨123 2026-04-02 10/500 2026-04-08 10:30 by screening
[考研] 338求调剂 +8 wxygxsaaaaa 2026-04-06 8/400 2026-04-08 06:58 by 无际的草原
[考研] 372求调剂 +4 jj涌77 2026-04-02 4/200 2026-04-07 09:31 by 白云朵朵飞
[考研] 复试调剂 +14 呼呼?~+123456 2026-04-05 14/700 2026-04-06 22:50 by chenzhimin
[考研] 071000生物学调剂 +7 拉提桃 2026-04-06 7/350 2026-04-06 18:55 by 52305043001
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] +5 化工专硕323分 2026-04-04 5/250 2026-04-05 08:02 by 544594351
[考研] 323求调剂 +8 李佳乐1 2026-04-04 8/400 2026-04-04 22:26 by hemengdong
[考研] 085600调剂 +4 1amJJ 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:53 by hemengdong
[考研] 296材料专硕求调剂 +21 202451007219 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 21:48 by hemengdong
[考研] 调剂 +4 是可乐不是可乐 2026-04-04 4/200 2026-04-04 19:41 by 唐沐儿
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 306求调剂 +3 hyb上名工 2026-04-02 3/150 2026-04-04 18:12 by 热情沙漠
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
信息提示
请填处理意见