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lyt93

新虫 (初入文坛)

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[交流] lammps想从之前的计算过程中，取出几个构型应该怎么做

我现在已经做了一个压下的模拟一共500步的压下
我现在想要第40步压下的模型出来进行其他的模拟
我知道从我的dump。xyz里面有第40步的时候所有的原子坐标。。那么我应该如何导入lammps程序呢？
不会拿这些坐标重新写个data吧
那么之前的的组不也白瞎了太麻烦了啊

求大神支招啊

我发现没金币没人看。。可是我一共就这么多了都发了还不行么？

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1楼 2015-05-22 13:49:58

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

可以尝试的方法：
1. 试试rerun命令，读取你的轨迹文件，然后再某一步的时候把构型输出。
http://lammps.sandia.gov/doc/rerun.html
具体怎么做我不是很清楚，但也许可以用这样的语法
rerun dump.xyz last 40 dump xyz
然后结合write_data 或者dump 命令就可以把你需要的那一帧调出来。

2. 用VMD打开你的轨迹文件，选择你所需要的那帧，然后输出即可。

3. 自己写个python或perl脚本来从轨迹中选一帧，这个也不难。

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9楼2015-05-23 05:35:50