| 查看: 3056 | 回复: 27 | ||||
敏sunflower金虫 (小有名气)
|
[求助]
MS建模过程中出错 已有1人参与
|
|||
|
急需各位大侠的帮助！！！！！！！ 我在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与之前求助帖中相同的问题（求助帖链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 3.或者还有其他方法。 但是如果按照1或2中修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差（给出确定值）大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？  |
回复此楼» 猜你喜欢
081700，311，求调剂
已经有15人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有18人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有4人回复
-
材料与化工371求调剂
已经有14人回复
-
336材料与化工085600求调剂
已经有7人回复
-
材料334求调剂
已经有18人回复
-
331求调剂
已经有8人回复
-
332求调剂
已经有17人回复
-
一志愿南京航空航天大学 材料与化工329分求调剂
已经有4人回复
-
材料专硕322
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS建模需要的数据
已经有9人回复
- MS建立Co3O4模型
已经有25人回复
- MS建模时对模型结构优化的目的以及参数如何设置
已经有5人回复
- 关于MS 中声子计算问题，优化问题
已经有7人回复
- 关于MS中.cell文件的问题
已经有13人回复
- 请问用MS怎么建模C3N4?
已经有13人回复
- 如何利用计算结果在ms建模
已经有6人回复
- MS建模问题求助
已经有13人回复
- 有关MS 的建模 优化及计算的一些问题
已经有6人回复
- 请教MS建模时如何给一个单胞的表面加上真空层？
已经有7人回复
- MS优化过程中如何选择K点？？？？？？？
已经有12人回复
- 求助MS建模时化学键的替换操作
已经有10人回复
- MS安装后的模型不能转动等问题
已经有7人回复
- 【求助】近红外光谱仪检验方法建立过程中，建模后的模型校正和验证分别应如何开展
已经有4人回复
- 【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理?
已经有10人回复
- 【求助】纳米线MS建模
已经有20人回复
- 【求助】MS建模导入lammps问题求救
已经有14人回复
- 【求助】MS建模替换原子
已经有24人回复
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
11楼2014-01-16 10:41:23
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2014-01-17 13:28:24
月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2014-01-17 13:28:24
|
好乱 一会儿是AC的错误，一会儿是dynamic的错误 梳理一下 按下面步骤一步步做 1、画好所有需要用到的分子链 2、AC模块进行construction，不要勾选opti，其他都可以用默认值。 3、对生成的无定型晶胞在forcite中进行geo-opti，选择合适的力场。需要勾选forcite中的opti-cell。可以调大max iteration获得更稳定的构象 4、将优化后的结构进行需要的NPT模拟，这步再设定温度、压力。total simulation time看你的体系可能需要设定很大，平衡时间越长，最后的结构越接近该温度压力下的稳定结构 如果这样还做不下去还出错，那我也没办法了 |
21楼2014-01-16 22:51:45
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-01-10 13:18:08
| 顶一下，感谢分享！ |
3楼2014-01-10 14:19:20
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
4楼2014-01-10 20:41:46
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-01-11 14:59:47
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
6楼2014-01-12 16:46:31
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2014-01-12 17:11:14
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
8楼2014-01-13 09:03:41
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
9楼2014-01-13 12:52:12
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
10楼2014-01-13 15:25:50
