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敏sunflower金虫 (小有名气)
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[求助]
MS建模过程中出错 已有1人参与
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急需各位大侠的帮助！！！！！！！ 我在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与之前求助帖中相同的问题（求助帖链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 3.或者还有其他方法。 但是如果按照1或2中修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差（给出确定值）大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？  |
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月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2014-01-17 13:28:24
月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2014-01-17 13:28:24
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好乱 一会儿是AC的错误，一会儿是dynamic的错误 梳理一下 按下面步骤一步步做 1、画好所有需要用到的分子链 2、AC模块进行construction，不要勾选opti，其他都可以用默认值。 3、对生成的无定型晶胞在forcite中进行geo-opti，选择合适的力场。需要勾选forcite中的opti-cell。可以调大max iteration获得更稳定的构象 4、将优化后的结构进行需要的NPT模拟，这步再设定温度、压力。total simulation time看你的体系可能需要设定很大，平衡时间越长，最后的结构越接近该温度压力下的稳定结构 如果这样还做不下去还出错，那我也没办法了 |
21楼2014-01-16 22:51:45
cg陈
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