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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模过程中出错
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:27:51
说实话
无定型晶胞前期建模主要是把分子放到一个合适密度的盒子里，是否需要opti我觉得无所谓
我一般是无定型建好后用forcite的来优化结构，forcite支持的力场更多，而不是用AC模块自带的
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11楼2014-01-16 10:41:23
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
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11楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-16 10:41:23
说实话
无定型晶胞前期建模主要是把分子放到一个合适密度的盒子里，是否需要opti我觉得无所谓
我一般是无定型建好后用forcite的来优化结构，forcite支持的力场更多，而不是用AC模块自带的

哦！如果现在不考虑是否使用AC自带的opti，针对上面建模失败（由于能量偏差大于NPT默认值50000kcal/mol）这个问题，应该怎么解决那？是否只需要修改NPT默认值就可以了那？
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12楼2014-01-16 10:52:10
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-16 16:17:58
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12楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 10:52:10
哦！如果现在不考虑是否使用AC自带的opti，针对上面建模失败（由于能量偏差大于NPT默认值50000kcal/mol）这个问题，应该怎么解决那？是否只需要修改NPT默认值就可以了那？...

Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum

这个提示一般考虑两个情况
1、结构不合理，比如少氢了、C没有4价键
2、调大steps
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13楼2014-01-16 12:55:07
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
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13楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-16 12:55:07
Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum

这个提示一般考虑两个情况
1、结构不合理，比如少氢了、C没有4价键
2、调 ...

你好，我想问一下，你说的调大steps，是指的哪个steps那？我用的是AC----calculation，而不是AC---construction（Legacy）。我现在还处于初级阶段，刚接触MS没多久，而且课题组也是刚研究这个课题，所以问题很低级，希望你不要介意啊！
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14楼2014-01-16 15:15:52
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pigrass

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伊卡斯特的小猪
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-16 16:18:37
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14楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 15:15:52
你好，我想问一下，你说的调大steps，是指的哪个steps那？我用的是AC----calculation，而不是AC---construction（Legacy）。我现在还处于初级阶段，刚接触MS没多久，而且课题组也是刚研究这个课题，所以问题很低级 ...

1、我不知道AC模块为什么会有关于NPT的提示
2、steps应该就是loading steps
可不可以发下下图中你的设置参数 或者 你的结构
总觉得你的能量太大了。。。


MS建模过程中出错
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敏sunflower
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15楼2014-01-16 15:24:55
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
送红花一朵
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15楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-16 15:24:55
1、我不知道AC模块为什么会有关于NPT的提示
2、steps应该就是loading steps
可不可以发下下图中你的设置参数 或者 你的结构
总觉得你的能量太大了。。。


...

我现在做的体系比较大，接近两万个原子，
MS建模过程中出错-1
图片1.png
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16楼2014-01-16 16:10:26
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
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15楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-16 15:24:55
1、我不知道AC模块为什么会有关于NPT的提示
2、steps应该就是loading steps
可不可以发下下图中你的设置参数 或者 你的结构
总觉得你的能量太大了。。。


...

跟你的对比了一下，发现energy、force两处不一样，这两个地方设置的参数对结果有什么影响那？
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17楼2014-01-16 16:12:32
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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17楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 16:12:32
跟你的对比了一下，发现energy、force两处不一样，这两个地方设置的参数对结果有什么影响那？...

2w原子还是先不要在AC里优化吧
1000的steps估计不够用
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18楼2014-01-16 16:37:01
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
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17楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 16:12:32
跟你的对比了一下，发现energy、force两处不一样，这两个地方设置的参数对结果有什么影响那？...

晕死
我好像有地方理解错了
你的dynamic calculation是forcite还是discover？至少不是AC吧。
dynamic calculation前必须用对应的模块进行结构优化【geo-opti或者mini】，然后再进行动力学模拟，否则会体系初始能量太高而导致默认的5000steps内达不到50000的energy deviation【forcite】
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19楼2014-01-16 17:04:13
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
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19楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-16 17:04:13
晕死
我好像有地方理解错了
你的dynamic calculation是forcite还是discover？至少不是AC吧。
dynamic calculation前必须用对应的模块进行结构优化【geo-opti或者mini】，然后再进行动力学模拟，否则会体系初始能 ...

你没有理解错，我发的那张图片上出现forcite dynamics temperature是因为计算机同时还进行了其他任务（动力学计算），不是建模任务的界面。您说的steps是指的loading steps，是吗？loading teps设置的数值对结果有什么影响那？
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20楼2014-01-16 18:09:10
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