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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模过程中出错
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] MS建模过程中出错 已有1人参与

急需各位大侠的帮助！！！！！！！
我在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与之前求助帖中相同的问题（求助帖链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。
Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。
-Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。
我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
3.或者还有其他方法。
但是如果按照1或2中修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差（给出确定值）大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？
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1楼 2014-01-10 10:39:23
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-16 16:18:37
引用回帖:
14楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 15:15:52
你好，我想问一下，你说的调大steps，是指的哪个steps那？我用的是AC----calculation，而不是AC---construction（Legacy）。我现在还处于初级阶段，刚接触MS没多久，而且课题组也是刚研究这个课题，所以问题很低级 ...

1、我不知道AC模块为什么会有关于NPT的提示
2、steps应该就是loading steps
可不可以发下下图中你的设置参数 或者 你的结构
总觉得你的能量太大了。。。


MS建模过程中出错
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

敏sunflower
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
15楼2014-01-16 15:24:55
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查看全部 28 个回答

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-10 19:33:13
敏sunflower: 金币+5, ★有帮助 2014-01-10 20:48:28
构建无定型晶胞后 一定要opt。
出现enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量图，肯定是非常正，显然构型不稳定的。
反复能量最小化，步数就调整为2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。
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2楼2014-01-10 13:18:08
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hanson418
顶一下，感谢分享！
3楼2014-01-10 14:19:20
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2014-01-10 13:18:08
构建无定型晶胞后 一定要opt。
出现enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量图，肯定是非常正，显然构型不稳定的。
反复能量最小化，步数就调整为2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。

但是我的建模过程并没有成功，没有产生对应结构的能量图。
还有就是我说的不是在建立模型后进行optimize geometry，而是在Amorphpus Cell-calculation中有一个选项是Refinement--optimize geometry。
不知道您能否指点一下，我该怎么才能成功的建立模型那？
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4楼2014-01-10 20:41:46
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查看全部 28 个回答
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