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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模过程中出错
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2014-01-17 13:28:24
引用回帖:
20楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 18:09:10
你没有理解错，我发的那张图片上出现forcite dynamics temperature是因为计算机同时还进行了其他任务（动力学计算），不是建模任务的界面。您说的steps是指的loading steps，是吗？loading teps设置的数值对结果有 ...

好乱
一会儿是AC的错误，一会儿是dynamic的错误


梳理一下
按下面步骤一步步做
1、画好所有需要用到的分子链
2、AC模块进行construction，不要勾选opti，其他都可以用默认值。
3、对生成的无定型晶胞在forcite中进行geo-opti，选择合适的力场。需要勾选forcite中的opti-cell。可以调大max iteration获得更稳定的构象
4、将优化后的结构进行需要的NPT模拟，这步再设定温度、压力。total simulation time看你的体系可能需要设定很大，平衡时间越长，最后的结构越接近该温度压力下的稳定结构


如果这样还做不下去还出错，那我也没办法了
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
21楼2014-01-16 22:51:45
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
21楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-16 22:51:45
好乱
一会儿是AC的错误，一会儿是dynamic的错误


梳理一下
按下面步骤一步步做
1、画好所有需要用到的分子链
2、AC模块进行construction，不要勾选opti，其他都可以用默认值。
3、对生成的无定型晶胞在fo ...

我说的错误就是在第二步construction，最后显示建模失败，原因就是能量偏差大于NPT默认值50000kcal/mol，我也不清楚出现NPT是怎么回事
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22楼2014-01-17 09:37:28
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
22楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-17 09:37:28
我说的错误就是在第二步construction，最后显示建模失败，原因就是能量偏差大于NPT默认值50000kcal/mol，我也不清楚出现NPT是怎么回事...

AC模块的设置文件xms打开就这段跟dynamic有关
50000估计是AmorphousBuilderMinimizerEnergy
AC模块用默认设置，温度、压力什么的都不动能建模吗，级别选medium，密度用你的0.3？

<LOGICITEM NAME="RampDensityDynamics">
        <STATE NAME="Dynamics" VERSION="6.0">
        <PROPERTIES>
        <PROPERTY NAME="EnergyServer">
        <VALUE>AmorphousBuilderMinimizerEnergy</VALUE>
        </PROPERTY>
        <PROPERTY NAME="Owner">
        <VALUE>Amorphous Cell</VALUE>
        </PROPERTY>
        <PROPERTY NAME="Pressure">
        <VALUE>0.5</VALUE>
        </PROPERTY>
        <PROPERTY NAME="WriteLevel">
        <VALUE>0</VALUE>
        </PROPERTY>
        </PROPERTIES>
        </STATE>
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敏sunflower
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
23楼2014-01-17 11:07:18
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
23楼: Originally posted by pigrass at 2014-01-17 11:07:18
AC模块的设置文件xms打开就这段跟dynamic有关
50000估计是AmorphousBuilderMinimizerEnergy
AC模块用默认设置，温度、压力什么的都不动能建模吗，级别选medium，密度用你的0.3？

<LOGICITEM NAME="Ra ...

恩，好的，非常非常感谢你的帮助！
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24楼2014-01-17 15:34:41
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数峰青820

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-17 15:34:41
恩，好的，非常非常感谢你的帮助！...

你好，你的问题弄清楚了吗？我也遇到同样的问题，也是和你一样两万左右的原子，你是怎么解决的？麻烦解答下。谢谢
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不要忘记阶级矛盾！
25楼2015-03-25 22:36:23
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 数峰青820 at 2015-03-25 22:36:23
你好，你的问题弄清楚了吗？我也遇到同样的问题，也是和你一样两万左右的原子，你是怎么解决的？麻烦解答下。谢谢...

你好，上面的问题我没有解决出来。最后我是把聚合物链段的聚合度减少，使总的分子数随之减少，这样就能建立CELL了
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数峰青820
26楼2015-03-26 09:01:37
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数峰青820

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
26楼: Originally posted by 敏sunflower at 2015-03-26 09:01:37
你好，上面的问题我没有解决出来。最后我是把聚合物链段的聚合度减少，使总的分子数随之减少，这样就能建立CELL了...

谢谢回复，我还以为年代久远不会收到回复了呢哈哈。可是聚合度减少了，如果还要保持2万原子那不是要增加分子链数目？难道你的模型最后放弃使用2w原子？另，我以前建立了个简单的，然后再discover里面minimize后它的结构居然无变化？看了你们上面的讨论过程，说“minimize和forcite里面的geo-opti是一样的功能，他们是一样的吗？若能解答，不胜感激。
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不要忘记阶级矛盾！
27楼2015-03-27 09:55:08
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
27楼: Originally posted by 数峰青820 at 2015-03-27 09:55:08
谢谢回复，我还以为年代久远不会收到回复了呢哈哈。可是聚合度减少了，如果还要保持2万原子那不是要增加分子链数目？难道你的模型最后放弃使用2w原子？另，我以前建立了个简单的，然后再discover里面minimize后它的 ...

对，放弃了。聚合物链段太长或聚合度太大的话，把一条很长的链段放在盒子里面让他进行构型优化，且迭代后能量差小于50000（默认值）肯定不是那么简单的，这可能是不能建立CELL的原因。你先尝试一下将聚合度减小，然后通过玻璃化温度进行验证，如果验证合理的话即可，没有必要让聚合度太大。在CELL里面也可以放多条链段，我之前看文章时，有提到说建议放一条链段，这是为了减小一种效应（忘记名称了），但是也有好多文章是放多条链段的。
minimizer只是进行初步的能量最小化，对分子的位置移动很小，所以构型可能基本上不怎么变化，通过动力学才能进一步对结构进行优化，这时候就可以看到一些变化了。
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28楼2015-03-27 16:35:58
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