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敏sunflower金虫 (小有名气)
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[求助]
MS建模过程中出错 已有1人参与
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急需各位大侠的帮助！！！！！！！ 我在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与之前求助帖中相同的问题（求助帖链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 3.或者还有其他方法。 但是如果按照1或2中修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差（给出确定值）大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？  |
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pigrass
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- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
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AC模块的设置文件xms打开就这段跟dynamic有关 50000估计是AmorphousBuilderMinimizerEnergy AC模块用默认设置，温度、压力什么的都不动能建模吗，级别选medium，密度用你的0.3？ <LOGICITEM NAME="RampDensityDynamics"> <STATE NAME="Dynamics" VERSION="6.0"> <PROPERTIES> <PROPERTY NAME="EnergyServer"> <VALUE>AmorphousBuilderMinimizerEnergy</VALUE> </PROPERTY> <PROPERTY NAME="Owner"> <VALUE>Amorphous Cell</VALUE> </PROPERTY> <PROPERTY NAME="Pressure"> <VALUE>0.5</VALUE> </PROPERTY> <PROPERTY NAME="WriteLevel"> <VALUE>0</VALUE> </PROPERTY> </PROPERTIES> </STATE> |
敏sunflower
23楼2014-01-17 11:07:18
cg陈
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2楼2014-01-10 13:18:08
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3楼2014-01-10 14:19:20
敏sunflower
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4楼2014-01-10 20:41:46