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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理?
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cenwanglai

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[交流] 【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理?已有6人参与

建模过程:进入MS-Build-Crystals-选择点群-输入晶格参数-输入原子位置(这里是一个Mn原子位置,两个O原子位置)

问题:
(1)相临O原子之间的间隔非常小(~0.5 Angstrom),这样的晶体结构是"好"的晶体吗?
(2)这样的模型可以作为输入结构来计算吗?

根据后面所附的ICSD建的模型如下:



ICSD数据如下:
*data for   ICSD #78331
CopyRight   ?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
            Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
Coll Code   78331
Rec  Date   1996/04/22
Mod  Date   1999/01/19
Chem Name   Manganese Oxide - Gamma
Structured  Mn O2
Sum         Mn1 O2
ANX         AX2
Min Name    Ramsdellite
D(calc)     4.88
Title       A powder neutron diffraction study of lambda and gamma manganese
            dioxide and of Li Mn2 O4
Author(s)   Fong, C.;Kennedy, B.J.;Elcombe, M.M.
Reference   Zeitschrift fuer Kristallographie (149,1979-)
            (1994), 209, 941-945
Unit Cell   9.3229(11) 4.4533(7) 2.8482(3) 90. 90. 90.
Vol         118.25
Z           4
Space Group P n a m
SG          PNAM
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Laue Class  mmm
Pearson     oP12
Wyckoff     c3
R Value     .0427
Symmetry      1            x+.5, -y+.5, z
              2            x, y, -z+.5
              3            -x+.5, y+.5, z+.5
              4            -x, -y, -z
              5            -x+.5, y+.5, -z
              6            -x, -y, z+.5
              7            x+.5, -y+.5, -z+.5
              8            x, y, z
Red Cell    P  2.848 4.453 9.322 90 89.999 89.999 118.251
Trans Red   0.000 0.000 -1.000 / 0.000 1.000 0.000 / 1.000 0.000 0.000
Comments    PDF 44-142. R(Bragg)=0.0134
            Compound with mineral name: Ramsdellite
            Neutron diffraction (powder)
            The structure has been assigned a PDF number: 44-142.
            Rietveld profile refinement applied
            Calculated density unusual but tolerable.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(U)   
Mn   1  +4    4 c   0.1203(15)  0.0130(33)  0.25           1.         0               0
O    1  -2    4 c   0.0356(15)  0.2311(15)  0.75           1.         0        0.025(3)
O    2  -2    4 c   0.2842(12)  0.2934(20)  0.25           1.         0               0
Lbl  Type      U11         U22         U33         U12         U13         U23
Mn1  Mn4+ 0.020(4)    0.029(5)    0.017(3)    0.013(4)    0           0           
O2   O2-  0.006(3)    0.050(5)    0.008(3)    -.027(3)    0           0           
*end for    ICSD #78331

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:49 ]
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1楼2010-06-03 15:57:20
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liu-jw09

铜虫 (初入文坛)
cenwanglai(金币+1):呵呵，我可是严格按照ICSD给的对称性和原子位置来做的。数了数原子个数，算上距离近的O原子，符合MnO2计量比。 2010-06-03 19:42:38
cenwanglai(金币+1):。我可是严格按照ICSD的对称性和坐标建的模型。数数原子个数，符合MnO2计量比。 2010-06-03 19:44:01
你建的晶格有问题，可能是对称性等导致的，原子间的距离很少有这么近的
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2楼2010-06-03 19:19:41
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wuli8

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…………

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★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示，好像有些不行，听虫子们说过遇到打不开的情况，呵呵，具体不太清楚 2010-06-03 21:19:50
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 15:57:20:
建模过程:进入MS-Build-Crystals-选择点群-输入晶格参数-输入原子位置(这里是一个Mn原子位置,两个O原子位置)

问题:
(1)相临O原子之间的间隔非常小(~0.5 Angstrom),这样的晶体结构是"好"的晶体吗?
...

何必这样麻烦。
直接导出.cif格式的文件MS可以直接打开
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…………
3楼2010-06-03 20:49:05
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cenwanglai

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引用回帖:
Originally posted by wuli8 at 2010-06-03 20:49:05:

何必这样麻烦。
直接导出.cif格式的文件MS可以直接打开

呵呵,直接打开不也会有"两个原子相隔太近"的问题吗?这个晶体的数据是XRD解析出来的,但是拿来做计算的模型好象不对. 这个是我的问题所在呢.

以前还碰到ICSD中有原子分数占位的情况,即occupancy不为1.这样的结构怎么建模型也是大家头痛的问题.

好象实验还是实验,理论还是理论,两套语言体系之间不是很好沟通.

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 21:33 ]
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4楼2010-06-03 21:31:31
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liu-jw09

铜虫 (初入文坛)
cenwanglai(金币+1):谢谢你的回复.试试看去. 2010-06-03 22:42:20
cenwanglai(金币+5):欢迎新虫参与讨论! 2010-06-03 22:43:12
建议你看一下xyz轴的取向，应该是这个原因，我过去遇到的一般都是xyz取向搞错了
引用回帖:
Originally posted by liu-jw09 at 2010-06-03 19:19:41:
你建的晶格有问题，可能是对称性等导致的，原子间的距离很少有这么近的

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5楼2010-06-03 22:05:31
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cenwanglai

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引用回帖:
Originally posted by liu-jw09 at 2010-06-03 22:05:31:
建议你看一下xyz轴的取向，应该是这个原因，我过去遇到的一般都是xyz取向搞错了


你说的好象有道道呢.楼主贴中标注红色的两行,用哪个来做晶体box呢?
Unit Cell 还是 Red Cell?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:52 ]
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6楼2010-06-03 22:51:14
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liu-jw09

铜虫 (初入文坛)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-06-04 00:06:46
cenwanglai(金币+2):hehe,谢谢! 2010-06-04 08:13:21
我一般都是试几个取向，我很少用ICSD，所以我也不明白那几行什么意思，不过这种错误应该就是取向有问题，所以对称性就会在相应位置加上原子，就出现楼主的错误了
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 22:51:14:


你说的好象有道道呢.楼主贴中标注红色的两行,用哪个来做晶体box呢?
Unit Cell 还是 Red Cell?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:52 ]

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7楼2010-06-03 23:56:11
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+1):呵呵,遇神杀神,遇佛杀佛.希望可以到晶体版去搞清楚. 2010-06-05 12:15:14
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2117489&fpage=1

你的是这个问题。
3年前我就碰到了。
现在还不明白。
一直绕着走
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…………
8楼2010-06-05 09:51:57
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njut

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
338875楼: Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 21:31:31
呵呵,直接打开不也会有"两个原子相隔太近"的问题吗?这个晶体的数据是XRD解析出来的,但是拿来做计算的模型好象不对. 这个是我的问题所在呢.

以前还碰到ICSD中有原子分数占位的情况,即occupancy不为 ...

我也碰到了这种问题，直接导入cif文件会有分数占位的问题，我要建白云母的模型，后来发现白云母的结构MS的本身有，我仔细看了下，MS里的白云母不存在分数占位的问题，这是怎么回事啊
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努力学，抓紧毕业
9楼2012-05-30 18:35:04
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水的分解反应

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuli8 at 2010-06-03 20:49:05
何必这样麻烦。
直接导出.cif格式的文件MS可以直接打开...

你好，为什么我在fingit中导出显示entention  "" can not be export
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持续学习，不断改善
10楼2017-03-02 22:51:44
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