应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理?
51/1返回列表
查看: 3019  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理? 已有6人参与

建模过程:进入MS-Build-Crystals-选择点群-输入晶格参数-输入原子位置(这里是一个Mn原子位置,两个O原子位置)

问题:
(1)相临O原子之间的间隔非常小(~0.5 Angstrom),这样的晶体结构是"好"的晶体吗?
(2)这样的模型可以作为输入结构来计算吗?

根据后面所附的ICSD建的模型如下:



ICSD数据如下:
*data for   ICSD #78331
CopyRight   ?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
            Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
Coll Code   78331
Rec  Date   1996/04/22
Mod  Date   1999/01/19
Chem Name   Manganese Oxide - Gamma
Structured  Mn O2
Sum         Mn1 O2
ANX         AX2
Min Name    Ramsdellite
D(calc)     4.88
Title       A powder neutron diffraction study of lambda and gamma manganese
            dioxide and of Li Mn2 O4
Author(s)   Fong, C.;Kennedy, B.J.;Elcombe, M.M.
Reference   Zeitschrift fuer Kristallographie (149,1979-)
            (1994), 209, 941-945
Unit Cell   9.3229(11) 4.4533(7) 2.8482(3) 90. 90. 90.
Vol         118.25
Z           4
Space Group P n a m
SG          PNAM
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Laue Class  mmm
Pearson     oP12
Wyckoff     c3
R Value     .0427
Symmetry      1            x+.5, -y+.5, z
              2            x, y, -z+.5
              3            -x+.5, y+.5, z+.5
              4            -x, -y, -z
              5            -x+.5, y+.5, -z
              6            -x, -y, z+.5
              7            x+.5, -y+.5, -z+.5
              8            x, y, z
Red Cell    P  2.848 4.453 9.322 90 89.999 89.999 118.251
Trans Red   0.000 0.000 -1.000 / 0.000 1.000 0.000 / 1.000 0.000 0.000
Comments    PDF 44-142. R(Bragg)=0.0134
            Compound with mineral name: Ramsdellite
            Neutron diffraction (powder)
            The structure has been assigned a PDF number: 44-142.
            Rietveld profile refinement applied
            Calculated density unusual but tolerable.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(U)   
Mn   1  +4    4 c   0.1203(15)  0.0130(33)  0.25           1.         0               0
O    1  -2    4 c   0.0356(15)  0.2311(15)  0.75           1.         0        0.025(3)
O    2  -2    4 c   0.2842(12)  0.2934(20)  0.25           1.         0               0
Lbl  Type      U11         U22         U33         U12         U13         U23
Mn1  Mn4+ 0.020(4)    0.029(5)    0.017(3)    0.013(4)    0           0           
O2   O2-  0.006(3)    0.050(5)    0.008(3)    -.027(3)    0           0           
*end for    ICSD #78331

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 22:49 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一原理资料汇编

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-03 15:57:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水的分解反应

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by wuli8 at 2010-06-03 20:49:05
何必这样麻烦。
直接导出.cif格式的文件MS可以直接打开...

你好，为什么我在fingit中导出显示entention  "" can not be export
赞一下 回复此楼
持续学习，不断改善
10楼2017-03-02 22:51:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

liu-jw09

铜虫 (初入文坛)
cenwanglai(金币+1):呵呵，我可是严格按照ICSD给的对称性和原子位置来做的。数了数原子个数，算上距离近的O原子，符合MnO2计量比。 2010-06-03 19:42:38
cenwanglai(金币+1):。我可是严格按照ICSD的对称性和坐标建的模型。数数原子个数，符合MnO2计量比。 2010-06-03 19:44:01
你建的晶格有问题，可能是对称性等导致的，原子间的距离很少有这么近的
赞一下 回复此楼
2楼2010-06-03 19:19:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuli8

荣誉版主 (知名作家)

…………

优秀版主优秀版主
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示，好像有些不行，听虫子们说过遇到打不开的情况，呵呵，具体不太清楚 2010-06-03 21:19:50
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-06-03 15:57:20:
建模过程:进入MS-Build-Crystals-选择点群-输入晶格参数-输入原子位置(这里是一个Mn原子位置,两个O原子位置)

问题:
(1)相临O原子之间的间隔非常小(~0.5 Angstrom),这样的晶体结构是"好"的晶体吗?
...

何必这样麻烦。
直接导出.cif格式的文件MS可以直接打开
赞一下(1人) 回复此楼
…………
3楼2010-06-03 20:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by wuli8 at 2010-06-03 20:49:05:

何必这样麻烦。
直接导出.cif格式的文件MS可以直接打开

呵呵,直接打开不也会有"两个原子相隔太近"的问题吗?这个晶体的数据是XRD解析出来的,但是拿来做计算的模型好象不对. 这个是我的问题所在呢.

以前还碰到ICSD中有原子分数占位的情况,即occupancy不为1.这样的结构怎么建模型也是大家头痛的问题.

好象实验还是实验,理论还是理论,两套语言体系之间不是很好沟通.

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-3 at 21:33 ]
赞一下 回复此楼
4楼2010-06-03 21:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +4 share_joy 2026-03-16 4/200 2026-03-17 21:32 by hmn_wj
[考研] 085600材料与化工 +4 安全上岸！ 2026-03-16 4/200 2026-03-17 14:02 by 勇敢太监王公公
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 311求调剂 +5 26研0 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:21 by a不易
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 321求调剂（食品/专硕） +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭