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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模过程中出错
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] MS建模过程中出错 已有1人参与

急需各位大侠的帮助！！！！！！！
我在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与之前求助帖中相同的问题（求助帖链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。
Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。
-Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。
我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
3.或者还有其他方法。
但是如果按照1或2中修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差（给出确定值）大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？
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1楼 2014-01-10 10:39:23
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
考虑用forcite或者discover模块计算动力学呢
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9楼2014-01-13 12:52:12
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-10 19:33:13
敏sunflower: 金币+5, ★有帮助 2014-01-10 20:48:28
构建无定型晶胞后 一定要opt。
出现enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量图，肯定是非常正，显然构型不稳定的。
反复能量最小化，步数就调整为2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。
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2楼2014-01-10 13:18:08
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hanson418
顶一下，感谢分享！
3楼2014-01-10 14:19:20
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2014-01-10 13:18:08
构建无定型晶胞后 一定要opt。
出现enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量图，肯定是非常正，显然构型不稳定的。
反复能量最小化，步数就调整为2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。

但是我的建模过程并没有成功，没有产生对应结构的能量图。
还有就是我说的不是在建立模型后进行optimize geometry，而是在Amorphpus Cell-calculation中有一个选项是Refinement--optimize geometry。
不知道您能否指点一下，我该怎么才能成功的建立模型那？
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4楼2014-01-10 20:41:46
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