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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建模过程中出错
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] MS建模过程中出错 已有1人参与

急需各位大侠的帮助！！！！！！！
我在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与之前求助帖中相同的问题（求助帖链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6767208），描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。
Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。
-Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。
我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
3.或者还有其他方法。
但是如果按照1或2中修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差（给出确定值）大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？
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1楼 2014-01-10 10:39:23
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-17 13:27:51
说实话
无定型晶胞前期建模主要是把分子放到一个合适密度的盒子里，是否需要opti我觉得无所谓
我一般是无定型建好后用forcite的来优化结构，forcite支持的力场更多，而不是用AC模块自带的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
11楼2014-01-16 10:41:23
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导 2014-01-17 13:28:24
引用回帖:
20楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-01-16 18:09:10
你没有理解错，我发的那张图片上出现forcite dynamics temperature是因为计算机同时还进行了其他任务（动力学计算），不是建模任务的界面。您说的steps是指的loading steps，是吗？loading teps设置的数值对结果有 ...

好乱
一会儿是AC的错误，一会儿是dynamic的错误


梳理一下
按下面步骤一步步做
1、画好所有需要用到的分子链
2、AC模块进行construction，不要勾选opti，其他都可以用默认值。
3、对生成的无定型晶胞在forcite中进行geo-opti，选择合适的力场。需要勾选forcite中的opti-cell。可以调大max iteration获得更稳定的构象
4、将优化后的结构进行需要的NPT模拟，这步再设定温度、压力。total simulation time看你的体系可能需要设定很大，平衡时间越长，最后的结构越接近该温度压力下的稳定结构


如果这样还做不下去还出错，那我也没办法了
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
21楼2014-01-16 22:51:45
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普通回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-10 19:33:13
敏sunflower: 金币+5, ★有帮助 2014-01-10 20:48:28
构建无定型晶胞后 一定要opt。
出现enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量图，肯定是非常正，显然构型不稳定的。
反复能量最小化，步数就调整为2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。
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2楼2014-01-10 13:18:08
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hanson418
顶一下，感谢分享！
3楼2014-01-10 14:19:20
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2014-01-10 13:18:08
构建无定型晶胞后 一定要opt。
出现enrgy (8.82135*10^7kcal/mol)，看下你的能量图，肯定是非常正，显然构型不稳定的。
反复能量最小化，步数就调整为2000，肯定是可以的，而且最后的能量是小于0的。

但是我的建模过程并没有成功，没有产生对应结构的能量图。
还有就是我说的不是在建立模型后进行optimize geometry，而是在Amorphpus Cell-calculation中有一个选项是Refinement--optimize geometry。
不知道您能否指点一下，我该怎么才能成功的建立模型那？
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4楼2014-01-10 20:41:46
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:02:24
敏sunflower: 金币+3, ★有帮助 2014-01-12 16:46:48
Refinement--optimize geometry这个就是几何优化呀。你可以用它选择优化，也可以不用它。
你首先要无定型晶胞建模都成功呀。模型都不一定准确，你要它干嘛呢
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5楼2014-01-11 14:59:47
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cg陈 at 2014-01-11 14:59:47
Refinement--optimize geometry这个就是几何优化呀。你可以用它选择优化，也可以不用它。
你首先要无定型晶胞建模都成功呀。模型都不一定准确，你要它干嘛呢

按照建模后输出文件的描述，建模失败是由于energy deviation远大于NPT的默认值50000kcal/mol。若是要建模成功，是不是至于要改变NPT的默认值就可以了？
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6楼2014-01-12 16:46:31
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
敏sunflower: 金币+2 2014-01-13 09:03:59
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-16 16:16:49
AC模块的construct界面不是只有geometry optimization、refine construction和build a crystalline phase这三个选项嘛，你什么都不要选择，你就直接构建。我的版本是4.2.
怎么可能会出现NPT能量的问题，你怎么设置的呢？
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7楼2014-01-12 17:11:14
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cg陈 at 2014-01-12 17:11:14
AC模块的construct界面不是只有geometry optimization、refine construction和build a crystalline phase这三个选项嘛，你什么都不要选择，你就直接构建。我的版本是4.2.
怎么可能会出现NPT能量的问题，你怎么设置 ...

非常感谢你的帮助！我用的是AC---calculation而不是construction，这两个应该是一样的吧？在没有选择optimize geometry的情况下，确实出现了上面的问题，我现在也不清楚是怎么回事
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8楼2014-01-13 09:03:41
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
考虑用forcite或者discover模块计算动力学呢
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9楼2014-01-13 12:52:12
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by cg陈 at 2014-01-13 12:52:12
考虑用forcite或者discover模块计算动力学呢

可是建模过程因为出现上面的错误（能量偏差远大于NPT默认值），没有建立成功啊！
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10楼2014-01-13 15:25:50
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