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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error 已有2人参与

急需大侠们的帮助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，显示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。
Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。
-Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。
我想问的是：
一，我在设置参数的时候并没有设定 maximum（50000kcal/mol）这个数值啊，不知道应该怎么做才能使运算正确那？

二，在Amorphous cell options中有一项是optimize geometry，这个在建模型的时候是否需要选择那？
      假如有这样两个方案：1.在建立模型是选上optimize geometry；2.不选optimize geometry，但在建立模型之后进行forcite-geometry optimization，构型优化时，两方案参数设置相同，不知道做出来是否    有区别那？

三，假如上面两方案没有区别，是不是就是说在建立模型时若是选择Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化了？
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1楼 2013-12-18 10:52:26
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gx730

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-19 09:02:42
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:39
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。
1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改
2 两方案参数设置相同，结果不会有太大区别。只是构建模型的时候使用几何优化比较耗时，而且你都没有运行成功，所以还是试试先构建再用forcite或discover模块优化
3 是的
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敏sunflower
2楼2013-12-18 14:43:29
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-18 14:43:29
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。
1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改
2 两方案参数设置相同，结 ...

谢谢你的回复，我还有几个问题：
一，我没有找到修改maximum（50000kcal/mol）的地方，能不能指点一下呐？
二，Discover模块中只有minimization，这应该就是能量最小化吧？而Forcite模块里只有geometry optimization。minimization与geometry optimization构型优化二者是相同的吗？
三，你在建立模型的时候是不是没有在Amorphous Cell中选择optimize geometry那？
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3楼2013-12-19 09:09:28
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-19 12:41:47
敏sunflower(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:16:50
我也遇见过类似的情况，参数设置一般不会导致这个错误，我认为是软件安装的问题，盗版软件你懂得。我重新安装了另一个版本，问题解决了
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有志者，事竟成。
4楼2013-12-19 09:19:43
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gx730

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-19 11:08:51
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:53
引用回帖:
3楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-12-19 09:09:28
谢谢你的回复，我还有几个问题：
一，我没有找到修改maximum（50000kcal/mol）的地方，能不能指点一下呐？
二，Discover模块中只有minimization，这应该就是能量最小化吧？而Forcite模块里只有geometry optimiza ...

1 我安装的是6.0，打开discover dynamics，，这个值就是你所需要的。
至于你为什么找不到，估计是软件安装不正确。
2 Discover模块中有minimization和dynamics，minimization与优化结构差不多，都可以优化结构，看手册上的详细定义加以理解
3我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，没有用calculation自然没有选择几何优化。然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化
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5楼2013-12-19 09:44:11
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-19 09:44:11
1 我安装的是6.0，打开discover dynamics，，这个值就是你所需要的。
至于你为什么找不到，估计是软件安装不正确。
2 Discover模块中有minimization和dynamics，minimization与优化结构差不多，都可以优化结构， ...

非常感谢你的帮助！
关于第一个问题：maximum（50000kcal/mol）按照你的方法，我已经找到了！
关于第三个问题：Amorphous Cell Construction中有Geometry optimize configurations following construction及refine configurations following construction两选项，看help上面的解释应该就是构型优化和动力学。你建模的时候是默认两个都选择还是都不选择那？
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6楼2013-12-19 11:15:51
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-12-19 11:15:51
非常感谢你的帮助！
关于第一个问题：maximum（50000kcal/mol）按照你的方法，我已经找到了！
关于第三个问题：Amorphous Cell Construction中有Geometry optimize configurations following construction及refi ...

我建模的时候用的是Amorphous Cell Construction，没有其他的选项。
估计版本不太一样。
不选就是的，选了时间比较慢，影响不大
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7楼2013-12-19 16:00:30
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-19 16:00:30
我建模的时候用的是Amorphous Cell Construction，没有其他的选项。
估计版本不太一样。
不选就是的，选了时间比较慢，影响不大...

恩，好的，非常感谢你的帮助！
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8楼2013-12-19 17:13:22
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-18 14:43:29
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。
1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改
2 两方案参数设置相同，结 ...

你好，之前你的回复令我受益很多。我还想向你请教关于建模的问题。在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与上面相同的问题，描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。
Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。
-Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。
我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。
但是如果这样修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？
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9楼2014-01-10 10:32:04
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QIANXIN123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-19 09:44:11
1 我安装的是6.0，打开discover dynamics，，这个值就是你所需要的。
至于你为什么找不到，估计是软件安装不正确。
2 Discover模块中有minimization和dynamics，minimization与优化结构差不多，都可以优化结构， ...

您好，我现在也是在用Amorphous Cell模块搭建模型，然后用Discover 模块结构优化能量最小化。现在想搭建一个结构是一个单独的氯离子的模型然后去计算溶解度参数，但是在AC模块可以搭建出来模型，但是文档总会显示 Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000 invoked from within......然后继续往下做的话也能出来计算结果，可否跟你交流一下这个问题？
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想到和达到之间，还有一个做到！
10楼2018-11-16 10:09:02
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