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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error 已有2人参与

急需大侠们的帮助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，显示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。
Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。
-Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。
我想问的是：
一，我在设置参数的时候并没有设定 maximum（50000kcal/mol）这个数值啊，不知道应该怎么做才能使运算正确那？

二，在Amorphous cell options中有一项是optimize geometry，这个在建模型的时候是否需要选择那？
      假如有这样两个方案：1.在建立模型是选上optimize geometry；2.不选optimize geometry，但在建立模型之后进行forcite-geometry optimization，构型优化时，两方案参数设置相同，不知道做出来是否    有区别那？

三，假如上面两方案没有区别，是不是就是说在建立模型时若是选择Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化了？
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1楼 2013-12-18 10:52:26
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QIANXIN123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-19 09:44:11
1 我安装的是6.0，打开discover dynamics，，这个值就是你所需要的。
至于你为什么找不到，估计是软件安装不正确。
2 Discover模块中有minimization和dynamics，minimization与优化结构差不多，都可以优化结构， ...

您好，我现在也是在用Amorphous Cell模块搭建模型，然后用Discover 模块结构优化能量最小化。现在想搭建一个结构是一个单独的氯离子的模型然后去计算溶解度参数，但是在AC模块可以搭建出来模型，但是文档总会显示 Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000 invoked from within......然后继续往下做的话也能出来计算结果，可否跟你交流一下这个问题？
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想到和达到之间，还有一个做到！
10楼2018-11-16 10:09:02
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gx730

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-19 09:02:42
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:39
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。
1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改
2 两方案参数设置相同，结果不会有太大区别。只是构建模型的时候使用几何优化比较耗时，而且你都没有运行成功，所以还是试试先构建再用forcite或discover模块优化
3 是的
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敏sunflower
2楼2013-12-18 14:43:29
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-18 14:43:29
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。
1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改
2 两方案参数设置相同，结 ...

谢谢你的回复，我还有几个问题：
一，我没有找到修改maximum（50000kcal/mol）的地方，能不能指点一下呐？
二，Discover模块中只有minimization，这应该就是能量最小化吧？而Forcite模块里只有geometry optimization。minimization与geometry optimization构型优化二者是相同的吗？
三，你在建立模型的时候是不是没有在Amorphous Cell中选择optimize geometry那？
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3楼2013-12-19 09:09:28
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-19 12:41:47
敏sunflower(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 21:16:50
我也遇见过类似的情况，参数设置一般不会导致这个错误，我认为是软件安装的问题，盗版软件你懂得。我重新安装了另一个版本，问题解决了
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有志者，事竟成。
4楼2013-12-19 09:19:43
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