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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求助MS中怎么修改晶格矢量的直角坐标
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mazuju028

木虫 (正式写手)

[求助] 求助MS中怎么修改晶格矢量的直角坐标

假设原来三个晶格矢量是：
CODE:
11.681646238015000       0.000000000000000      -0.090933564690394
0.000000000000000       5.902100086212160       0.000000000000000
0.000000000000000       0.000000000000000      11.823100090026900

现在我想把晶格矢量a（11.681646238015000       0.000000000000000      -0.090933564690394）挪到Z轴上去，另外两个格矢做相应的变化。
该怎么做呢？
我尝试过用build->crystals->rebuild crystals->options选项卡->Lattice options->Oriention standard:
我把原来的：C along Z, B in YZ plane
改成：A along Z, C in YZ plane.
结果结构完全变了，有些原子靠得非常近几乎贴在一起。这应该不正常。不知道该如何解决啊
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锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
1楼 2011-11-23 11:34:43
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

mazuju028

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-11-23 16:36:33:
1.注意到第一个基矢的z分量不为零，是原本结构就是这样(单斜)还是这个是优化后的结构？
2.若是正交结构应该就很容易了，乘上一个转换矩阵(0 1 0, 0 0 1, 1 0 0)就可以把(x,y,z)变成(z,x,y)
3.为何要这样做？

哈哈，谢谢方版的关注。
我这个结构是单斜的。所以不能像正交结构处理。
之所以要这么做，是因为计算光学性质时，光轴和坐标轴之间取向不同时，获得的光学系数不同。比如说同样对于介电常数e11, 当a轴取向X方向和取向Z方向，结果就不同。呵呵，我就是为了更好比较计算和实验值。
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锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
9楼2011-11-23 23:00:59
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普通回帖

aa644387857

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-11-23 11:34:43:
假设原来三个晶格矢量是：
[code]
11.681646238015000       0.000000000000000      -0.090933564690394
0.000000000000000       5.902100086212160       0.000000000000000
0.000000000000000       0. ...

重新建立晶胞，将a，b，c的数值相应调整，也就是将a值换成原来的c值，然后以此类推。在添加原子的时候也做相应调整，将x，y，z换一下。没试过，仅提供建议。
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努力，奋斗
2楼2011-11-23 13:25:18
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leachmond

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+5): 谢谢交流 2011-11-23 15:44:42
你这样操作是不对滴 把你要建立的晶胞的对应的a、b、c分别记录下来 然后新建一个 同原来的对比一下 你就发现 结果是非常有趣的
赞一下 回复此楼
善于发现别人的优点，并把它转化为自己的长处，你就会成为聪明人；善于把握人生际遇，并把它转化为自己的机遇，你就会成为优秀者。
3楼2011-11-23 13:31:55
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mazuju028

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by leachmond at 2011-11-23 13:31:55:
你这样操作是不对滴 把你要建立的晶胞的对应的a、b、c分别记录下来 然后新建一个 同原来的对比一下 你就发现 结果是非常有趣的

你好。我按照手动方式，选好空间群，然后一个原子一个原子的添加，每添加一个原子，它会自动根据对称性产生另一个原子。我有一个疑问，就是加了原子之后，发现有些原子在原胞之外，如图所示，这种改如何处理？还是不用管？十分感谢。
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锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
4楼2011-11-23 15:50:43
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dream意
5楼2011-11-23 15:59:29
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+4): 谢谢交流 2011-11-23 23:01:30
1.注意到第一个基矢的z分量不为零，是原本结构就是这样(单斜)还是这个是优化后的结构？
2.若是正交结构应该就很容易了，乘上一个转换矩阵(0 1 0, 0 0 1, 1 0 0)就可以把(x,y,z)变成(z,x,y)
3.为何要这样做？
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6楼2011-11-23 16:36:33
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whb06370283

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+4): 哈哈，谢谢提示，确实如此。 2011-11-23 22:54:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-11-23 15:50:43:
你好。我按照手动方式，选好空间群，然后一个原子一个原子的添加，每添加一个原子，它会自动根据对称性产生另一个原子。我有一个疑问，就是加了原子之后，发现有些原子在原胞之外，如图所示，这种改如何处理？还 ...

从菜单中选择Build | Crystals | Rebuild Crystal...。按下ReBuild 按钮。外面的原子就没有了
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7楼2011-11-23 20:02:05
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leachmond

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+4): 谢谢热心指点。 2011-11-23 22:55:18
引用回帖:
4楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-11-23 15:50:43:
你好。我按照手动方式，选好空间群，然后一个原子一个原子的添加，每添加一个原子，它会自动根据对称性产生另一个原子。我有一个疑问，就是加了原子之后，发现有些原子在原胞之外，如图所示，这种改如何处理？还 ...

主要看你工作对结果的需求 基本上你可以这样尝试：打开这个模型图后，点击“build”——symmetry——primitive cell当然前提是这个键可用   如果这个键是灰色的即处于不可用状态 直接计算即可 一点浅见 因为对你的工作了解不是太清楚 所以只能说这些 希望能够帮到你 至于有些原子出现在晶胞之外 这个情况我也遇到过（比如最近计算的Bi2WO6就是这种情况） 谨慎地检查一遍 只要确定建模过程中 没有其他错误 部分原子出现于晶胞之外也正常 不影响计算和分析
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善于发现别人的优点，并把它转化为自己的长处，你就会成为聪明人；善于把握人生际遇，并把它转化为自己的机遇，你就会成为优秀者。
8楼2011-11-23 20:15:34
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小小摩

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-11-23 16:36:33
1.注意到第一个基矢的z分量不为零，是原本结构就是这样(单斜)还是这个是优化后的结构？
2.若是正交结构应该就很容易了，乘上一个转换矩阵(0 1 0, 0 0 1, 1 0 0)就可以把(x,y,z)变成(z,x,y)
3.为何要这样做？

你好，麻烦问一下我想将z轴垂直于fcc结构的111面的话改怎么做啊？
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10楼2016-12-13 15:16:45
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