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汕头大学海洋科学、生物学、生物与医药等3个专业接受调剂
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mazuju028

木虫 (正式写手)

[求助] 求助MS中怎么修改晶格矢量的直角坐标

假设原来三个晶格矢量是:
CODE:
11.681646238015000       0.000000000000000      -0.090933564690394
0.000000000000000       5.902100086212160       0.000000000000000
0.000000000000000       0.000000000000000      11.823100090026900

现在我想把晶格矢量a(11.681646238015000       0.000000000000000      -0.090933564690394)挪到Z轴上去,另外两个格矢做相应的变化。
该怎么做呢?
我尝试过用build->crystals->rebuild crystals->options选项卡->Lattice options->Oriention standard:
我把原来的:C along Z, B in YZ plane
改成:A along Z, C in YZ plane.
结果结构完全变了,有些原子靠得非常近几乎贴在一起。这应该不正常。不知道该如何解决啊
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mazuju028

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-11-23 16:36:33:
1.注意到第一个基矢的z分量不为零,是原本结构就是这样(单斜)还是这个是优化后的结构?
2.若是正交结构应该就很容易了,乘上一个转换矩阵(0 1 0, 0 0 1, 1 0 0)就可以把(x,y,z)变成(z,x,y)
3.为何要这样做?

哈哈,谢谢方版的关注。
我这个结构是单斜的。所以不能像正交结构处理。
之所以要这么做,是因为计算光学性质时,光轴和坐标轴之间取向不同时,获得的光学系数不同。比如说同样对于介电常数e11, 当a轴取向X方向和取向Z方向,结果就不同。呵呵,我就是为了更好比较计算和实验值。
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9楼2011-11-23 23:00:59
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普通回帖

aa644387857

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
1楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-11-23 11:34:43:
假设原来三个晶格矢量是:
[code]
11.681646238015000       0.000000000000000      -0.090933564690394
0.000000000000000       5.902100086212160       0.000000000000000
0.000000000000000       0. ...

重新建立晶胞,将a,b,c的数值相应调整,也就是将a值换成原来的c值,然后以此类推。在添加原子的时候也做相应调整,将x,y,z换一下。没试过,仅提供建议。
努力,奋斗
2楼2011-11-23 13:25:18
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leachmond

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+5): 谢谢交流 2011-11-23 15:44:42
你这样操作是不对滴 把你要建立的晶胞的对应的a、b、c分别记录下来 然后新建一个 同原来的对比一下 你就发现 结果是非常有趣的
善于发现别人的优点,并把它转化为自己的长处,你就会成为聪明人;善于把握人生际遇,并把它转化为自己的机遇,你就会成为优秀者。
3楼2011-11-23 13:31:55
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mazuju028

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by leachmond at 2011-11-23 13:31:55:
你这样操作是不对滴 把你要建立的晶胞的对应的a、b、c分别记录下来 然后新建一个 同原来的对比一下 你就发现 结果是非常有趣的

你好。我按照手动方式,选好空间群,然后一个原子一个原子的添加,每添加一个原子,它会自动根据对称性产生另一个原子。我有一个疑问,就是加了原子之后,发现有些原子在原胞之外,如图所示,这种改如何处理?还是不用管?十分感谢。
锐气藏于胸,和气浮于脸,才气见于事,义气施与人
4楼2011-11-23 15:50:43
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5楼2011-11-23 15:59:29
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+4): 谢谢交流 2011-11-23 23:01:30
1.注意到第一个基矢的z分量不为零,是原本结构就是这样(单斜)还是这个是优化后的结构?
2.若是正交结构应该就很容易了,乘上一个转换矩阵(0 1 0, 0 0 1, 1 0 0)就可以把(x,y,z)变成(z,x,y)
3.为何要这样做?
6楼2011-11-23 16:36:33
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whb06370283

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+4): 哈哈,谢谢提示,确实如此。 2011-11-23 22:54:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-11-23 15:50:43:
你好。我按照手动方式,选好空间群,然后一个原子一个原子的添加,每添加一个原子,它会自动根据对称性产生另一个原子。我有一个疑问,就是加了原子之后,发现有些原子在原胞之外,如图所示,这种改如何处理?还 ...

从菜单中选择Build | Crystals | Rebuild Crystal...。按下ReBuild 按钮。外面的原子就没有了
7楼2011-11-23 20:02:05
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leachmond

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

mazuju028(金币+4): 谢谢热心指点。 2011-11-23 22:55:18
引用回帖:
4楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-11-23 15:50:43:
你好。我按照手动方式,选好空间群,然后一个原子一个原子的添加,每添加一个原子,它会自动根据对称性产生另一个原子。我有一个疑问,就是加了原子之后,发现有些原子在原胞之外,如图所示,这种改如何处理?还 ...

主要看你工作对结果的需求 基本上你可以这样尝试:打开这个模型图后,点击“build”——symmetry——primitive cell当然前提是这个键可用   如果这个键是灰色的即处于不可用状态 直接计算即可 一点浅见 因为对你的工作了解不是太清楚 所以只能说这些 希望能够帮到你 至于有些原子出现在晶胞之外 这个情况我也遇到过(比如最近计算的Bi2WO6就是这种情况) 谨慎地检查一遍 只要确定建模过程中 没有其他错误 部分原子出现于晶胞之外也正常 不影响计算和分析
善于发现别人的优点,并把它转化为自己的长处,你就会成为聪明人;善于把握人生际遇,并把它转化为自己的机遇,你就会成为优秀者。
8楼2011-11-23 20:15:34
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小小摩

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-11-23 16:36:33
1.注意到第一个基矢的z分量不为零,是原本结构就是这样(单斜)还是这个是优化后的结构?
2.若是正交结构应该就很容易了,乘上一个转换矩阵(0 1 0, 0 0 1, 1 0 0)就可以把(x,y,z)变成(z,x,y)
3.为何要这样做?

你好,麻烦问一下我想将z轴垂直于fcc结构的111面的话改怎么做啊?
10楼2016-12-13 15:16:45
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