| 查看: 2993 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
敏sunflower金虫 (小有名气)
|
[求助]
Amorphous Cell建立模型结束，但状态显示Error 已有2人参与
|
||
|
急需大侠们的帮助！最近在用Amorphpus Cell-calculation建立模型，显示Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。 我想问的是： 一，我在设置参数的时候并没有设定 maximum（50000kcal/mol）这个数值啊，不知道应该怎么做才能使运算正确那？ 二，在Amorphous cell options中有一项是optimize geometry，这个在建模型的时候是否需要选择那？ 假如有这样两个方案：1.在建立模型是选上optimize geometry；2.不选optimize geometry，但在建立模型之后进行forcite-geometry optimization，构型优化时，两方案参数设置相同，不知道做出来是否 有区别那？ 三，假如上面两方案没有区别，是不是就是说在建立模型时若是选择Amorphous cell options---optimize geometry，就不用再使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化了？  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有41人回复
-
回收溶剂求助
已经有7人回复
-
硝基苯如何除去
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有17人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有22人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
三无产品还有机会吗
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Amorphous cell-construction中的number of configuration的值设置多少为好？
已经有6人回复
- 如何在MS软件中截平面图？
已经有3人回复
- 关于amorphous cell 构建完后的体系选择frame的问题
已经有7人回复
- MS建立如图所示的模型
已经有6人回复
- 聚合物链建晶胞时，Amorphous Cell模块没法用，求解释
已经有9人回复
- 求助MS中怎么修改晶格矢量的直角坐标
已经有10人回复
- 自由液面（如图）边界条件设置
已经有6人回复
- 【求助】求教DPD高手怎样用amorphous cell计算Flory huggins参数
已经有8人回复
- 【求助】MS中建立amorphous cell时如何修改其周期边界条件
已经有13人回复
- 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题
已经有16人回复
- 【求助】请教一个问题，如何建立超晶包2*2sqrt（3）*sqrt（3），也就是非整数的，谢谢
已经有5人回复
- 【求助成功】MS Amorphous Cell 建模问题
已经有14人回复
- 【转帖】Materials Studio5.0中的新技术
已经有28人回复
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
送红花一朵 |
你好，之前你的回复令我受益很多。我还想向你请教关于建模的问题。在建立模型时，使用Amorphpus Cell-calculation，没有选择optimize geometry，但是仍然出现了与上面相同的问题，描述如下：Amorphous Cell calculation completed。但是status：Error。 Error description：Amorphous Cell failed in the NPT dynamics stage。 -Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (8.82135*10^7kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）。与求助帖中Dynamics calculation-Deviation in the enrgy (83012.9kcal/mol) between successive steps was greater than the specified maximum（50000kcal/mol）的83012.9kcal/mol相比，不选择optimize geometry时能量偏差为8.82135*10^7kcal/mol，偏差更大了。 我不知道现在应该怎么做才能成功建立模型，1.是应该在选择optimize geometry时，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为90000（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 还是2.不选择optimize geometry，将NPT的默认值50000kcal/mol修改为9*10^7（大于计算得到的能量偏差83012.9kcal/mol）。 但是如果这样修改的话就会出现一个问题：将NPT默认值50000kcal/mol修改为其他值，是在前面建模过程失败，并提示能量偏差大于NPT默认值的情况下进行的。难道每次建模型都要这样不断尝试修改NPT默认值吗？ |
9楼2014-01-10 10:32:04
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-19 09:02:42
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:39
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-19 09:02:42
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:39
|
我建立模型的时候用的是Amorphpus Cell-construction，然后使用forcite或discover模块进行构型优化或能量最小化。 1 maximum（50000kcal/mol）是默认的 ，可以通过打开对应的对话框修改 2 两方案参数设置相同，结果不会有太大区别。只是构建模型的时候使用几何优化比较耗时，而且你都没有运行成功，所以还是试试先构建再用forcite或discover模块优化 3 是的 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2013-12-18 14:43:29
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
3楼2013-12-19 09:09:28
4楼2013-12-19 09:19:43