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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题
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liuxianlv

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题已有6人参与

各位大哥大姐请教个问题：
   我想用MS的Amorphous cell建个含水和有机分子的体系，再用build-layer加到金属表面。建不起来，我分子是用高斯优化的，然后用GV另存为MOL引入MS的，水是直接在MS中画的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下错误。谢谢各位！




点YES出现下图

再点YES


[ Last edited by liuxianlv on 2010-7-25 at 10:07 ]
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1楼2010-07-25 09:50:25
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-07-25 12:58:12
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。
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好好学习，天天向上。
2楼2010-07-25 12:18:41
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-07-25 12:18:41:
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。

那怎么办呢？我以前高斯算的导入进来可以建
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3楼2010-07-25 17:44:45
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-25 19:13:08
引用回帖:
Originally posted by liuxianlv at 2010-07-25 17:44:45:

那怎么办呢？我以前高斯算的导入进来可以建

可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子，建好盒子后，再换回来。
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好好学习，天天向上。
4楼2010-07-25 19:08:17
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-07-25 19:08:17:

可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子，建好盒子后，再换回来。

怎么看哪些原子缺力场？用label-force type吗，我看了全分配的有力场啊，我那分子就CNHO原子会有缺力场的？
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5楼2010-07-25 21:44:39
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
没显示全，点图会显示全
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6楼2010-07-25 21:46:23
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qasd

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):感谢交流 2010-07-26 08:25:03
MS画有机分子，水。分配compass力场，AC建盒子就行了，没有必要用高斯，这有点像用一电锯去吃牛排
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7楼2010-07-26 07:51:58
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-26 07:51:58:
MS画有机分子，水。分配compass力场，AC建盒子就行了，没有必要用高斯，这有点像用一电锯去吃牛排

谢谢，因为我文章前面用高斯算了参数，也就是找有机分子的吸附位点，模拟时用MS剑的话，优化分子会和高斯优化的分子有结构差异，没什么说服力，所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化好的结构了。
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8楼2010-07-26 10:18:05
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-07-26 13:10:35
liuxianlv(金币+5):谢谢 2010-10-05 16:46:18
如果下一步要使用量子力学研究，值得这么做。
另外，如果你下一步要build layer的话，建议建cell而不是confined layer
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9楼2010-07-26 12:29:44
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liuxianlv

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-26 12:29:44:
如果下一步要使用量子力学研究，值得这么做。
另外，如果你下一步要build layer的话，建议建cell而不是confined layer

对我下一步是要用build layer，把金属表面、有机分子和水溶液、水结合起来。
再动力学研究有机分子在金属表面的吸附。用COnfined layer文献上这么用的。但是用periodic还是键不起来。另外用用量化我只算有机分子的参数，不是建好后算。用MS建的periodic结构导入GV中键输入文件，无法识别的。我用没有优化的结构可以建AMORphous cell用优化结果建就出错，但以前的分子用优化结果是可以建的，包含的原子类型也相同啊。错误说不清楚力场类型。那为什么没优化之前又可以建呢？包含的原子又没变，只是结构变了。O(∩_∩)O谢谢！
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10楼2010-07-26 14:25:09
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