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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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liuxianlv

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题 已有6人参与

各位大哥大姐请教个问题:
   我想用MS的Amorphous cell建个含水和有机分子的体系,再用build-layer加到金属表面。建不起来,我分子是用高斯优化的,然后用GV另存为MOL引入MS的,水是直接在MS中画的再minimize得,只建含200水分子可以建。出如下错误。谢谢各位!




点YES出现下图

再点YES


[ Last edited by liuxianlv on 2010-7-25 at 10:07 ]
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liuxianlv

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-26 07:51:58:
MS画有机分子,水。分配compass力场,AC建盒子就行了,没有必要用高斯,这有点像用一电锯去吃牛排

谢谢,因为我文章前面用高斯算了参数,也就是找有机分子的吸附位点,模拟时用MS剑的话,优化分子会和高斯优化的分子有结构差异,没什么说服力,所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化好的结构了。
8楼2010-07-26 10:18:05
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zyj8119

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-07-25 12:58:12
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。
好好学习,天天向上。
2楼2010-07-25 12:18:41
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liuxianlv

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-07-25 12:18:41:
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。

那怎么办呢?我以前高斯算的导入进来可以建
3楼2010-07-25 17:44:45
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zyj8119

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-25 19:13:08
引用回帖:
Originally posted by liuxianlv at 2010-07-25 17:44:45:

那怎么办呢?我以前高斯算的导入进来可以建

可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子,建好盒子后,再换回来。
好好学习,天天向上。
4楼2010-07-25 19:08:17
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