24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3854  |  回复: 16

liuxianlv

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MS的Amorphous cell使用出问题 已有6人参与

各位大哥大姐请教个问题:
   我想用MS的Amorphous cell建个含水和有机分子的体系,再用build-layer加到金属表面。建不起来,我分子是用高斯优化的,然后用GV另存为MOL引入MS的,水是直接在MS中画的再minimize得,只建含200水分子可以建。出如下错误。谢谢各位!




点YES出现下图

再点YES


[ Last edited by liuxianlv on 2010-7-25 at 10:07 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理 Amorphous cell

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢指导 2010-07-25 12:58:12
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。
好好学习,天天向上。
2楼2010-07-25 12:18:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxianlv

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-07-25 12:18:41:
选择的力场没有你要建立的盒子的力场参数。。

那怎么办呢?我以前高斯算的导入进来可以建
3楼2010-07-25 17:44:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):谢谢指点 2010-07-25 19:13:08
引用回帖:
Originally posted by liuxianlv at 2010-07-25 17:44:45:

那怎么办呢?我以前高斯算的导入进来可以建

可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子,建好盒子后,再换回来。
好好学习,天天向上。
4楼2010-07-25 19:08:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxianlv

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-07-25 19:08:17:

可以把缺少力场参数的原子换成有力场参数的原子,建好盒子后,再换回来。

怎么看哪些原子缺力场?用label-force type吗,我看了全分配的有力场啊,我那分子就CNHO原子会有缺力场的?
5楼2010-07-25 21:44:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxianlv

金虫 (正式写手)

没显示全,点图会显示全
6楼2010-07-25 21:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)


zzy870720z(金币+1):感谢交流 2010-07-26 08:25:03
MS画有机分子,水。分配compass力场,AC建盒子就行了,没有必要用高斯,这有点像用一电锯去吃牛排
7楼2010-07-26 07:51:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxianlv

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-26 07:51:58:
MS画有机分子,水。分配compass力场,AC建盒子就行了,没有必要用高斯,这有点像用一电锯去吃牛排

谢谢,因为我文章前面用高斯算了参数,也就是找有机分子的吸附位点,模拟时用MS剑的话,优化分子会和高斯优化的分子有结构差异,没什么说服力,所以模拟时也想用相同的结构就只能导入高斯优化好的结构了。
8楼2010-07-26 10:18:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-07-26 13:10:35
liuxianlv(金币+5):谢谢 2010-10-05 16:46:18
如果下一步要使用量子力学研究,值得这么做。
另外,如果你下一步要build layer的话,建议建cell而不是confined layer
9楼2010-07-26 12:29:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxianlv

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-07-26 12:29:44:
如果下一步要使用量子力学研究,值得这么做。
另外,如果你下一步要build layer的话,建议建cell而不是confined layer

对我下一步是要用build layer,把金属表面、有机分子和水溶液、水结合起来。
再动力学研究有机分子在金属表面的吸附。用COnfined layer文献上这么用的。但是用periodic还是键不起来。另外用用量化我只算有机分子的参数,不是建好后算。用MS建的periodic结构导入GV中键输入文件,无法识别的。我用没有优化的结构可以建AMORphous cell用优化结果建就出错,但以前的分子用优化结果是可以建的,包含的原子类型也相同啊。错误说不清楚力场类型。那为什么没优化之前又可以建呢?包含的原子又没变,只是结构变了。O(∩_∩)O谢谢!
10楼2010-07-26 14:25:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuxianlv 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0860004 求调剂 309分 +3 Yin DY 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:16 by 男人海洋—
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +17 梁富贵险中求 2026-04-04 18/900 2026-04-08 22:53 by may_新宇
[考研] 求调剂 +7 吃口冰激凌 2026-04-07 7/350 2026-04-08 22:49 by bljnqdcc
[考研] 机械工程313分找工科调剂 +3 双一流本科机械 2026-04-08 3/150 2026-04-08 20:41 by 土木硕士招生
[考研] 327求调剂 +12 Xxjc1107. 2026-04-06 12/600 2026-04-08 16:46 by luoyongfeng
[考研] 一志愿电子科技大学085600材料与化工 329分求调剂 +11 Naiko 2026-04-04 11/550 2026-04-08 14:00 by wutongshun
[考研] 301求调剂 +10 细胞相关蛋白 2026-04-03 10/500 2026-04-08 10:36 by tjzhao
[考研] 277求调剂 数一104分 +9 瓶子PZ 2026-04-05 14/700 2026-04-07 17:52 by 蓝云思雨
[考研] 生物调剂 +5 橙子橙子橙子啊 2026-04-05 9/450 2026-04-07 15:31 by 上岸快快
[考研] 286求调剂 +20 Faune 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 11:33 by 诗与自由
[考研] 一志愿太原理工大学计算机技术专硕348,求调剂指导 +3 nexious 2026-04-05 3/150 2026-04-07 08:19 by jp9609
[考研] (调剂)一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 8/400 2026-04-06 16:52 by momo皓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-05 5/250 2026-04-06 15:40 by lin-da
[考研] 求调剂 +10 Hll胡 2026-04-04 10/500 2026-04-05 20:09 by nepu_uu
[考研] 322求调剂 +3 嗯哼哼恒 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:52 by nepu_uu
[考研] 材料与化工306分找调剂 +23 沧海轻舟e 2026-04-02 27/1350 2026-04-04 21:52 by laoshidan
[考研] [调剂信息]085408光电信息 求调剂 总分291分数一英一 +3 iz11az 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:09 by 蓝云思雨
[考研] 283分材料与化工求调剂 +29 罗KAKA 2026-04-02 29/1450 2026-04-03 23:56 by userper
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:19 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见