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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】求教DPD高手怎样用amorphous cell计算Flory huggins参数
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judy1931

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求教DPD高手怎样用amorphous cell计算Flory huggins参数

想请教DPD高手粗粒化方法中怎样求Flory huggins参数，我看过文献说用Discover和Amorphous Cell模块求溶解度参数，可是都没有提到具体方法，请问要怎么求得这个参数，谢谢
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1楼 2011-03-25 10:13:52
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
judy1931(金币+10): 2011-03-30 21:59:45
zh1987hs(金币+5): 谢谢 2011-03-30 22:58:05
曾经在文献中看到的流程为：
1. 画出模拟体系中的结构并进行优化；
2. 借助于BLENDS模块导入分子；
3. 分别选择Base和Screen进行混合；
4. 分析输出中的参数x(希腊字母，读作chi)即是Flory-Huggins参数。

flory-huggins参数可以从blends模块，也可以从amorphous中得到，在分析的能量里的内聚能密度里，分析的结果里就可以看到。

用BLEND计算结果并不准确，考虑不了珠子具体分子片段的构形效应，采用amorphous会好一点，但比BLEND计算量大不少。
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2楼2011-03-25 17:08:36
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judy1931

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-03-25 17:08:36:
曾经在文献中看到的流程为：
1. 画出模拟体系中的结构并进行优化；
2. 借助于BLENDS模块导入分子；
3. 分别选择Base和Screen进行混合；
4. 分析输出中的参数x(希腊字母，读作chi)即是Flory-Huggins参数。

...

谢谢，怎样从amorphous的结果中得到内聚能密度还有怎样由内聚能密度计算flory-huggins参数请问您知道吗，能分享一下经验吗？谢谢了
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3楼2011-03-30 22:00:13
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guanzhouxmc

木虫 (小有名气)
judy1931(金币+10): 谢谢 2011-03-31 10:22:12
建议LZ复习一下DPD的鼻祖GOOT所作文献，Dissipative particle dynamics: Bridging the gap between atomistic and mesoscopic simulation。文献中的公式（17）-（24）有X（chi）和DPD本身的关系。内聚能、随机力、相互作用参数都可以作为求解X（chi）的初始数据。
个人认为方法不一定唯一，只有最适合的。
对这块不是很懂，刚接触DPD两个多月，用的是LAMMPS。
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4楼2011-03-31 08:47:00
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judy1931

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by guanzhouxmc at 2011-03-31 08:47:00:
建议LZ复习一下DPD的鼻祖GOOT所作文献，Dissipative particle dynamics: Bridging the gap between atomistic and mesoscopic simulation。文献中的公式（17）-（24）有X（chi）和DPD本身的关系。内聚能、随机力、 ...

那你一般都是用什么方法计算参数的呢？
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5楼2011-03-31 10:22:48
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xjw040

金虫 (正式写手)
终于看到有人做介观动力学的朋友们了
使用MD方法得出的chi值感觉悬啊
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6楼2011-03-31 10:23:33
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guanzhouxmc

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 欢迎顾问多多解决求助！ 2011-04-01 15:17:06
引用回帖:
Originally posted by guanzhouxmc at 2011-03-31 08:47:00:
建议LZ复习一下DPD的鼻祖GOOT所作文献，Dissipative particle dynamics: Bridging the gap between atomistic and mesoscopic simulation。文献中的公式（17）-（24）有X（chi）和DPD本身的关系。内聚能、随机力、 ...

x=2*alpha(aij-aii)(pi+pj)/(kb*T)，aij和aii相互作用参数在dpd中都有明确定义，亲水25，疏水80。kb是波尔兹曼常数，alpha是校正因子，pi+pj是粒子团密度。不同温度T下会有不同的X。与其说是计算X，不如说是在模拟前理论上通过这些参数的改变预定好X值。
还悲剧地停留在形貌分析，X的计算实在不是很了解。
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7楼2011-03-31 14:21:18
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beanundersky

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-24 22:40:45
用amorphous cell建盒子，构型优化，然后跑MD，平衡后用AC模块中的分析，选Energy，用Cohesive energy density对其分析，就得到了，可以搜索一下中文的博硕士论文，里面应该有步骤，到目前为止我也没有特别懂，马马虎虎~希望多交流
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8楼2012-03-24 21:26:05
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水月笼沙

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1350598楼: Originally posted by beanundersky at 2012-03-24 21:26:05:
用amorphous cell建盒子，构型优化，然后跑MD，平衡后用AC模块中的分析，选Energy，用Cohesive energy density对其分析，就得到了，可以搜索一下中文的博硕士论文，里面应该有步骤，到目前为止我也没有特别懂，马 ...

鐪嬩簡濂戒箙杩樻槸涓?澶ф噦~~~妤间富锛岀爺绌舵槑鐧戒簡涔堬紵鎸囨暀鎸囨暀
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9楼2012-04-23 21:58:24
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